Современный этап экономического развития характеризуется существенным усилением роли знания, воплощенного в человеческом капитале. Национальная инновационная система представляет собой институциональную основу экономики знаний, обеспечивая эффективное взаимодействие между участниками инновационного процесса. В диссертационном исследовании обоснована ключевая роль организаций, занятых воспроизводством, генерацией и распространением знаний, в национальной инновационной системе, обусловленная реализацией ими определенных функций на каждом этапе создания новшеств: образовательная, научно-исследовательская, инновационная и стимулирующая. Повышение эффективности реализации этих функций возможно за счет развития соответствующих функциональных связей данных организаций с другими подсистемами национальной инновационной системы. Автором разработаны алгоритм развития функциональных связей, включающий механизм выбора инструментов государственной поддержки такого развития, а также метод оценки эффективности развития функциональных связей.