В работе исследуются подходы к управлению человеческим капиталом инновационного предприятия. Представлена структура комплексной модели управления человеческим капиталом, представляющая собой теоретически выстроенную систему взаимосвязей методов стратегического, процессного, компетентного и системного подходов, которая учитывает специфические особенности объекта управления – компетентности человеческих ресурсов инновационного предприятия. По результатам апробации, представленным в работе, получен вывод о целесообразности применения комплексной модели управления человеческим капиталом для повышения эффективности управления инновационным предприятием.