Details

Дмитренко, Андрей Владимирович. Стохастическое моделирование молекулярных конфигураций регуляторных районов ДНК в эукариотических клетках [Электронный ресурс]: магистерская диссертация: 01.04.02 / А. В. Дмитренко; Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого, Институт прикладной математики и механики ; науч. рук. В. В. Гурский. — Электрон. текстовые дан. (1 файл : 3,31 Мб). — Санкт-Петербург, 2017. — Загл. с титул. экрана. — Свободный доступ из сети Интернет (чтение, печать, копирование). — Adobe Acrobat Reader 7.0. — <URL:http://elib.spbstu.ru/dl/2/v17-3308.pdf>. — <URL:http://doi.org/10.18720/SPBPU/2/v17-3308>.

Record create date: 10/13/2017

Subject: Случайные процессы (мат.); Моделирование; регуляторные районы; транскрипционные факторы

UDC: 575.113/.118:519.2(043.3)

Collections: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция

Links: DOI

Allowed Actions: Read Download (3.3 Mb) You need Flash Player to read document

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Транскрипционные факторы (ТФ) регулируют активность генов посредством присоединения к ДНК в регуляторных районах. Комбинации связанных с ДНК факторов формируют молекулярные конфигурации, определяющие скорость транскрипции генов. В работе проводится стохастическое моделирование формирования молекулярных конфигураций регуляторных районов ДНК дрозофилы, влияющих на процесс эмбрионального развития. Моделирование основано на разработке и применении модифицированнои версии ранее предложенных моделеи. Модели этого процесса были исходно разработаны и исследованы на примере прокариотических систем и распространены на эукариотические клетки в представленной работе. Новая модель описывает процесс поиска молекулы ТФ своего саита посадки на ДНК с учетом механизма короткодеиствующеи репрессии, с помощью которого некоторые ТФ подавляют активность генов. Также в модели используется экспериментальная информация об областях открытого хроматина для более точного предсказания сайтов посадки ТФ на ДНК. Полученные результаты демонстрируют существенное влияние механизма короткодействующей репрессии на формирование молекулярных конфигураций. Это влияние заключается в уменьшении длин пробега молекул ТФ по ДНК, а также в уменьшении среднего времени занятости сайтов посадки ТФ. Расчеты свидетельствуют об отсутствии простой зависимости между энергией связи сайта посадки и вероятностью занятости этого сайта. Этот результат говорит о необходимости учета динамических особенностей молекулярных конфигураций в моделях экспрессии генов.

Document access rights

Network User group Action
FL SPbPU Local Network All Read Print Download
-> Internet All Read Print Download

Document usage statistics

stat Document access count: 160
Last 30 days: 7
Detailed usage statistics