Details

Title: Повышение эффективности сортировки генетических последовательностей в проекте SAMtools на архитектурах MIMD: выпускная квалификационная работа бакалавра: 09.03.04 - Программная инженерия ; 09.03.04_01 - Технологии разработки и сопровождения качественного программного продукта
Creators: Журавлёва Александра Юрьевна
Scientific adviser: Федоров Станислав Алексеевич
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт компьютерных наук и технологий
Imprint: Санкт-Петербург, 2018
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: SAMTOOLS; INTEL AMPLIFIER; сортировка слиянием; сеть сорртировки; автовекторизация
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Level of education: Bachelor
Speciality code (FGOS): 09.03.04
Speciality group (FGOS): 090000 - Информатика и вычислительная техника
Links: Отзыв руководителя
DOI: 10.18720/SPBPU/2/v18-1338
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Record key: RU\SPSTU\edoc\54250

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

В представленной работе рассматривается усовершенствование утилиты сортировки генетической информации в проекте с открытым исходным кодом SAMtools. Проведено исследование новых алгоритмов, подходов векторизации и параллелизации с целью выбора наилучшей модификации для внедрения в код официального репозитория. В результате были разработаны алгоритмы поразрядной сортировки и сети сортировки, производительность которых лучше исходного варианта по разным оценкам от 3 до 9 раз. Обозначены перспективы векторизации разработанных методов. Реализация поразрядной сортировки была принята в исходный код официального репозитория SAMtools и успешно применяется при работе с генетическими данными в области медицины и биоинформатики.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
Internet Authorized users SPbPU Read Print Download
-> Internet Anonymous

Usage statistics

stat Access count: 243
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics