Постпроцессинговый анализ данных МР-изображений позволяет наглядно продемонстрировать зоны достоверных изменений в структуре головного мозга. Однако из-за применения различных методов и программных продуктов, используемых в исследованиях, затрудняется сопоставление их результатов. В данной работе была проведена сегментация МР-изображений и вычисление объемных характеристик 10 пациентов с параноидной формой шизофрении в программах SPM12 и FreeSurfer. Вычисление объемов в программе SPM12 было проведено с использованием трех различных масок: ICV, TPM и Label. При сравнительном анализе полученных данных выявлено, что различия в значениях объемов структур головного мозга напрямую зависят от выбора используемой маски. Установлено, что при сравнении результатов постобработки с использованием различных масок наибольший разброс значений имеет показатель «объем спинномозговой жидкости», а наименьший – «объем белого вещества». Наиболее близкие к значениям объемов FreeSurfer имели значения, полученные при использовании в программе SPM маски Label. При их сравнении было выявлено, что во всех 10 случаях значения показателей «объем серого вещества» и «общий объем головного мозга», полученные в программе SPM больше, таковых, полученных в программе FreeSurfer, а значение показателя «объем белого вещества», полученный в программе SPM – меньше, чем в программе FreeSurfer. Предположительно причиной данных расхождений являются различия в алгоритмах распознавания граничных вокселей, алгоритмах обсчета вокселей в целом, а также использованием разных типов атласов и масок программами SPM12 и FreeSurfer. Корреляция значений общего объема головного мозга полученных в SPM и FreeSurfer предполагает возможность получения сравнительных коэффициентов. Полученные результаты могут быть использованы для решения проблемы систематизации данных, полученных с использованием разных программных пакетов.