Реализован цифровой метод исследования флуктуаций колебания в приборах СВЧ с использованием быстрого преобразования Фурье. Рассмотрены и устранены ошибки наложения, возникающие при измерении шумов, верхняя граничная частота которых значительно превышает частоту дискретизации. Измерены спектры флуктуаций амплитуды и частоты генератора Ганна, работающего на частоте 7 ГГц. Показано, что цифровой метод позволяет уверенно измерять спектры флуктуации при наличии интенсивных наводок и помех.