В работе рассматриваются теоретико-методологические вопросы формирования организационно-экономического механизма управления рисками применительно к инновационной деятельности предприятий. Раскрываются вопросы комплексной оценки инновационных проектов с использованием методов имитационного моделирования, сценарного анализа и нейронных сетей. Формируется модель прогнозирования влияния эндогенных и экзогенных факторов на величину ущерба на основе вероятностного распределения рисков, расчета величины возможных потерь и определения зависимости величины потерь от времени.