В диссертационном исследовании представлена разработка методических рекомендаций по формированию экономической модели эффективного функционирования инновационного предприятия. Исследуется и уточняется понятие «экономической модели эффективного функционирования инновационного предприятия», его содержание и взаимосвязь элементов. Предложены модель добавленной стоимости инновационного предприятия и методика по определению оптимального размера резервирования финансовых ресурсов для компенсации рисков. Описаны результаты апробации разработанного комплексного подхода по формированию экономической модели эффективного функционирования инновационного предприятия.