Университет, как часть региональной инновационной системы, влияет на эффективность этой системы. В то же время, система институционализированных показателей, способная оценить этот вклад, а также эффективность региональной инновационной системы с учетом деятельности университетов на территории субъектов федерации, в настоящий момент отсутствует. Существующие методики разрознены и включают в себя показатели, статистика по которым наиболее удобна в поиске для разработчика методики. Разработка методических положений по определению эффективности региона с точки зрения вклада вузов в его развитие, создание и апробация соответствующих моделей способствует активизации взаимодействия университетов и региональной инновационной системы, а также обоснованию направлений стратегического развития инновационной деятельности университета. В работе представлены научно-методические рекомендации по повышению эффективности региональной инновационной системы, учитывающих комплексные взаимосвязи особенностей инновационного развития субъектов РФ и ключевых характеристик инновационной деятельности университетов.