Активизация инновационной деятельности осуществляется в тех отраслях и компаниях, для которых она является необходимым условием устойчивого развития и роста стоимости. Одним из возможных направлений стимулирования инновационной активности хозяйствующих субъектов нефтегазового комплекса может стать определение инструментов прямого воздействия инноваций на стоимость компаний, повышение их кредитоспособности и инвестиционной привлекательности. В работе представлена разработка комплекса научно-методических рекомендаций по учету влияния инновационной активности в оценке стоимости хозяйствующего субъекта нефтегазового комплекса.