Генерация инноваций возможна при наличии нескольких факторов одновременно: наличие высококвалифицированных кадров, современной инфраструктуры и эффективной системы мотивации работников. Наиболее благоприятные условия для формирования такого комплекса факторов имеют высшие учебные заведения. Вместе с тем, разработанные инновационные технологии достаточно часто не приводят к коммерциализации в реальном секторе экономики, что говорит о необходимости совершенствования управления инновационной деятельностью в высшем учебном заведении. Диссертационное исследование посвящено разработке теоретико-методологического инструментария повышения эффективности процесса управления инновационной деятельностью в вузе. В работе предложена методика управления инновационной деятельностью в вузе, разработаны модели стимулирования инновационной деятельности сотрудников высшего учебного заведения на основе центрирования значимости человеческих ресурсов и векторного подхода к генерации инновационного результата, а также предложена нечетко-множественная модель оценки потенциала коммерциализации результатов инновационной деятельности высшего учебного заведения.