Транскрипционные факторы (ТФ) регулируют активность генов посредством присоединения к ДНК в регуляторных районах. Комбинации связанных с ДНК факторов формируют молекулярные конфигурации, определяющие скорость транскрипции генов. В работе проводится стохастическое моделирование формирования молекулярных конфигураций регуляторных районов ДНК дрозофилы, влияющих на процесс эмбрионального развития. Моделирование основано на разработке и применении модифицированнои версии ранее предложенных моделеи. Модели этого процесса были исходно разработаны и исследованы на примере прокариотических систем и распространены на эукариотические клетки в представленной работе. Новая модель описывает процесс поиска молекулы ТФ своего саита посадки на ДНК с учетом механизма короткодеиствующеи репрессии, с помощью которого некоторые ТФ подавляют активность генов. Также в модели используется экспериментальная информация об областях открытого хроматина для более точного предсказания сайтов посадки ТФ на ДНК. Полученные результаты демонстрируют существенное влияние механизма короткодействующей репрессии на формирование молекулярных конфигураций. Это влияние заключается в уменьшении длин пробега молекул ТФ по ДНК, а также в уменьшении среднего времени занятости сайтов посадки ТФ. Расчеты свидетельствуют об отсутствии простой зависимости между энергией связи сайта посадки и вероятностью занятости этого сайта. Этот результат говорит о необходимости учета динамических особенностей молекулярных конфигураций в моделях экспрессии генов.