На основании литературных источников и экспертной оценки были определены элементы корпоративной инновационной системы современного университета и построена модель ее основных процессов. Благодаря анализу существующих подходов к управлению развитием корпоративных инновационных систем был сделан вывод о необходимости разработки формализованных процедур определения приоритетных направлений, которые содержат этап оценки степени соответствия уровня развития корпоративной инновационной системы университета требованиям выбираемых областей. Предложенный алгоритм был проверен с помощью непосредственного подтверждения, результатом которого стало формулирование рекомендаций создания центра компетенции по свободному программному обеспечению на базе ведущего технического университета страны ФГАОУ ВО «СПбПУ». Предложение было поддержано руководством университета. В работе представлено подробное описание целей, задач и бизнес-процессов центра компетенции по свободному программному обеспечению, а также система показателей для его эффективного управления.