В данной работе проведено исследование способности к связыванию лекарство-подобных лигандов с ненативными белковыми рецепторами на основе отобранного репрезентативного набора комплексов. Рассмотрены вычислительные методы молекулярного моделирования взаимодействия структур, метод докинга лигандов. Изучены математические и физические модели, лежащие в основе указанных методов. Проведен анализ результатов вычислительного эксперимента с использованием кластерного анализа и методов статистики. Определены структурные классы лигандов с пониженной вероятностью побочного связывании с ненативными белками-рецепторами.