Детальная информация
| Название | Повышение эффективности сортировки генетических последовательностей в проекте SAMtools на архитектурах MIMD: выпускная квалификационная работа бакалавра: 09.03.04 - Программная инженерия ; 09.03.04_01 - Технологии разработки и сопровождения качественного программного продукта |
|---|---|
| Авторы | Журавлёва Александра Юрьевна |
| Научный руководитель | Федоров Станислав Алексеевич |
| Организация | Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт компьютерных наук и технологий |
| Выходные сведения | Санкт-Петербург, 2018 |
| Коллекция | Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция |
| Тематика | SAMTOOLS; INTEL AMPLIFIER; сортировка слиянием; сеть сорртировки; автовекторизация |
| Тип документа | Выпускная квалификационная работа бакалавра |
| Тип файла | |
| Язык | Русский |
| Уровень высшего образования | Бакалавриат |
| Код специальности ФГОС | 09.03.04 |
| Группа специальностей ФГОС | 090000 - Информатика и вычислительная техника |
| Ссылки | Отзыв руководителя |
| DOI | 10.18720/SPBPU/2/v18-1338 |
| Права доступа | Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование) |
| Ключ записи | RU\SPSTU\edoc\54250 |
| Дата создания записи | 22.10.2018 |
Разрешенные действия
–
Действие 'Прочитать' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети
Действие 'Загрузить' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети
| Группа | Анонимные пользователи |
|---|---|
| Сеть | Интернет |
В представленной работе рассматривается усовершенствование утилиты сортировки генетической информации в проекте с открытым исходным кодом SAMtools. Проведено исследование новых алгоритмов, подходов векторизации и параллелизации с целью выбора наилучшей модификации для внедрения в код официального репозитория. В результате были разработаны алгоритмы поразрядной сортировки и сети сортировки, производительность которых лучше исходного варианта по разным оценкам от 3 до 9 раз. Обозначены перспективы векторизации разработанных методов. Реализация поразрядной сортировки была принята в исходный код официального репозитория SAMtools и успешно применяется при работе с генетическими данными в области медицины и биоинформатики.
| Место доступа | Группа пользователей | Действие |
|---|---|---|
| Локальная сеть ИБК СПбПУ | Все |
|
| Интернет | Авторизованные пользователи СПбПУ |
|
| Интернет | Анонимные пользователи |
|
Количество обращений: 243
За последние 30 дней: 0
