Целью магистерской диссертации является совершенствование системы бюджетирования, направленного на разработку эффективной системы бюджетирования на примере Санкт-Петербургского государственного бюджетного учреждения здравоохранения «Психоневрологический диспансер № 2». В ходе исследования изучены теоретические основы системы бюджетирования в здравоохранении, виды и классификация источников бюджетирования, разработана система совершенствования расчета проекта бюджета, проведен финансово-хозяйственный анализ деятельности учреждения за 2014-2016 гг., выявлены основные проблемы бюджетирования в лечебно-профилактических учреждениях в условиях многоканальности финансирования. В результате предложена система модернизации расчетов и внедрения индексов для совершенствования системы бюджетирования.