Объектом исследования является система внутреннего контроля в ЗАО «БИОКАД». В процессе исследования применялись общенаучные методы - анализ, диалектика, аналогия, синтез, а также специальные процедуры и приемы: верификация, методы моделирования, методы оценки и оптимизации параметров. Сформулированы главные задачи внутреннего контроля, их различия с задачами внутреннего аудита. Выделены важнейшие принципы организации системы внутреннего контроля в компании. Определены требования, обеспечивающие соблюдение принципов организации внутреннего контроля. Установлены цели, задачи и методы системы внутреннего контроля. Разработаны рекомендации по методичности оценки системы внутреннего контроля в ходе ее организации. Разработан алгоритм по внедрению в ЗАО «БИОКАД» системы внутреннего контроля для управления рисками, связанными с мошенничеством. Определены основные направления улучшения системы внутреннего контроля в ЗАО «БИОКАД». Основным преимуществом организации отдела внутреннего аудита в ЗАО «БИОКАД» является осведомленность внутренних аудиторов о характерных особенностях деятельности и учета компании, возможность формирования методики аудита с учетом особенностей деятельности и учета, а также подготовка собственного персонала из числа сотрудников компании в связи с нехваткой высококвалифицированных аудиторов.