Объектом исследования являются региональные инновационные системы России. Целью данного исследования является проведение комплексного анализа и оценка эффективности функционирования региональных инновационных систем России. На основе анализа были выделены технически эффективные и неэффективные региональные инновационные системы, проведено сравнение полученных результатов с рейтингами инновационного развития регионов и результатами оценки инновационного потенциала регионов.