Объектами исследования данной работы являются и алкалоиды изохинолинового ряда: индольные производные изохинолина и пирроло-изохинолины. Цель молекулярного моделирования – установление механизма связывания алкалоидов изохинолинового ряда с молекулой ДНК в зависимости от заместителей в их структурах. Исследование взаимодействия ДНК с алкалоидами проводилось с помощью КМ/ММ докинга и молекулярной динамики. В процессе докинга осуществлён отбор поз лигандов. Наиболее предпочтительным оказалось взаимодействие с ДНК по комбинированному механизму с преобладанием интеркаляции. Установлена роль заместителей в алкалоидах в образовании нековалентных взаимодействий с ДНК. В ходе процедуры молекулярной динамики проверена устойчивость отобранных комплексов. С помощью кластеризации полученных траекторий выделены наиболее часто встречающиеся структуры.

The objects of study are DNA and isoquinoline alkaloids: indole derivatives of isoquinoline and pyrroloisoquinolines. The goal of molecular modeling is to establish the mechanism of binding of the isoquinoline alkaloids with the DNA molecule depending on the substituents in their structures. The study of the interaction of DNA with alkaloids was carried out using QM/MM docking and molecular dynamics. In the process of docking, the selection of poses of ligands was carried out. The most preferred was the interaction with DNA by a combined mechanism with a predominance of intercalation. Alkaloids have been established to provide DNA binding. During the molecular dynamics procedure, the stability of the selected complexes is established. The role of substituents in alkaloids in the formation of non-covalent interactions with DNA has been established. During the molecular dynamics procedure, the stability of the selected complexes was tested. Using clustering of the trajectories, the most frequently encountered structures were identified.

• Содержание
• Список использованных сокращений
• Введение
• Глава 1. Обзор литературы
• 1.1. Механизмы связывания молекулы ДНК с лигандами
  • 1.1.1. Интеркаляционный механизм связывания
  • 1.1.2. Бороздочное связывание
  • 1.1.3. Энергия связывания лигандов с ДНК
  • 1.1.4. Связывание по комбинированному механизму
• 1.2. Алкалоиды
• 1.3. Основные сложности проведения докинга к ДНК
• Глава 2. Объекты и методы исследования
• 2.1. Объекты исследования
  • 2.1.1 Структура ДНК
  • 2.1.2. Алкалоиды изохинолинового ряда
• 2.2. Методы исследования
  • 2.2.1. Докинг
  • 2.2.2. Молекулярная динамика
• Глава 3. Результаты
• Глава 4. Заключение
• Список использованных источников
• Приложение А. Данные SID
• Приложение Б. Исследование крупных кластеров
• Приложение В. Взаимодействие лигандов с ДНК и энергетические термы