Детальная информация

Название: Поиск сигналов полигенной адаптации в геноме нута: выпускная квалификационная работа магистра: направление 01.04.02 «Прикладная математика и информатика» ; образовательная программа 01.04.02_01 «Математическое моделирование в науке и индустрии»
Авторы: Подольный Борис Сергеевич
Научный руководитель: Самсонова Мария Георгиевна; Иголкина Анна Андреевна
Другие авторы: Арефьева Людмила Анатольевна
Организация: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт прикладной математики и механики
Выходные сведения: Санкт-Петербург, 2020
Коллекция: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Тематика: полигенная адаптация; нут; популяционная геномика; polygenic adaptation; chickpea; population genomics
Тип документа: Выпускная квалификационная работа магистра
Тип файла: PDF
Язык: Русский
Код специальности ФГОС: 01.04.02
Группа специальностей ФГОС: 010000 - Математика и механика
Ссылки: Приложение; Отзыв руководителя; Рецензия; Отчет о проверке на объем и корректность внешних заимствований
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2020/vr/vr20-1015
Права доступа: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)

Разрешенные действия:

Действие 'Прочитать' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети Действие 'Загрузить' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети

Группа: Анонимные пользователи

Сеть: Интернет

Аннотация

Предметом работы являются сигналы полигенной адаптации, а целью работы является разработка системы программ, позволяющей производить поиск сигналов полигенной адаптации с учётом неоднородной эволюционной истории геномов индивидов. Для этого необходимо иметь возможность анализировать такие сигналы в скользящем по хромосоме окне, чего не позволяют делать существующие методы. В основе системы использованы два существующих пакета: для построения филогенетических деревьев с адмиксиями и для поиска сигналов адаптации и их положения на ветвях дерева. В результате написана «оболочка» для данных пакетов с использованием языков python и bash, позволяющая производить анализ в скользящем окне. Система была применена к геномным данным 10 популяций нута, взятым из коллекции нута Всероссийского института генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова (ВИР), и с её помощью получены результаты о позициях сигналов полигенной адаптации в геноме, и о том, когда в эволюционной истории популяции такие сигналы возникли.

The subject of this study is polygenic adaptation signals and the aim of the work is to develop a system of programs that allows one to search for polygenic adaptation signals taking into account the heterogeneous evolutionary history of individual genomes. Thus, it is necessary to be able to analyze such signals in a sliding window on the chromosome, and none of the existing methods allow it. The system is based on two existing packages: for admixture graphs constructing and for searching for adaptation signals and their place on the admixture graph’s branches. As a result, a shell was written for these packages using the python and bash languages, which allows to perform analysis in a sliding window. The system was applied to the genome data of 10 chickpea populations taken from the collection of chickpeas of the All-Russian Institute of Plant Genetic Resources named after N.I. Vavilov (VIR), and as a result positions of polygenic adaptation signals in the genome were obtained and their places of origin in evolutionary history of populations were defined.

Права на использование объекта хранения

Место доступа Группа пользователей Действие
Локальная сеть ИБК СПбПУ Все Прочитать Печать Загрузить
Интернет Авторизованные пользователи Прочитать Печать Загрузить
-> Интернет Анонимные пользователи

Статистика использования

stat Количество обращений: 3
За последние 30 дней: 1
Подробная статистика