Детальная информация

Данная работа посвящена изучению молекулярно-генетических причин возникновения клинических проявлений наследственного нарушения соединительной ткани (ННСТ) у пациентов с изучаемым фенотипом. Для исследования были использованы образцы геномной ДНК 42 неродственных пациентов с ННСТ. Оценка патогенности выявленных вариантов 1269 генов, связанных с развитием ННСТ, базировалась на рекомендациях ACMG по интерпретации данных, полученных методом полноэкзомного секвенирования следующего поколения. В результате оценки патогенности выявлено 17 патогенных следующих генов: ANO5, BTD, CNGB3, COL7A1, FIG4, GPR179, HGD, KIAA0586, KRT14, LAMA2, NEB, PNKP, SLC26A2, VPS13B, VWF, WDR35, YARS2 и 18 вероятных патогенных вариантов генов: A2ML1, ADAR, CCDC78, CCDC8, CYP1B1, DEAF1, GCDH, GRM1, IFIH1, NUP107, RAPSN, RYR1, SAMD9, SDHD, SLX4, SPG7, XPA. После численного предсказания влияния 108 вариантов неизвестной клинической значимости на стабильность белка в возникновении и развитии нарушения соединительной ткани выявлены следующие варианты - rs200457046 гена SCN9A, rs747448117 гена DNMT3A и rs772861343 гена PLOD1. Данные, полученные в ходе работы, указывают на потенциальное влияние выявленных нами вариантов нуклеотидной последовательности на фенотип ННСТ.

The given work is devoted to studying the significance of the revealed variants of nucleotide sequence potentially responsible for the formation of clinical manifestations in patients with hereditary disorders of connective tissue. There has been valuable progress in the use of different molecular diagnostic technologies to clarify the classification of the heritable disorders of connective tissue (HDCT). Nowadays many of them are only based on clinical criteria, due to the absence of an identified gene and a protein, thus the main objective was to identify possible molecular genetic causes of HDCT development. For research, genomic DNA samples of 42 unrelated patients with HDCT were used. Whole-exome sequencing was performed on a HiSeq2500. Assessment of the pathogenicity of the identified variants was based on the recommendations of ACMG on the interpretation of data obtained by the next-generation sequencing method. As a result of the pathogenicity assessment, 17 pathogenic, 18 probably pathogenic variants and 108 variants of unknown clinical significance were identified. After computational prediction of the effect of these mutations on protein stability, 3 VUS variants are considered to be involved in the development of connective tissue - rs200457046, rs747448117 и rs772861343. Considering the results of the study, we cannot exclude that the variants and genes we identified may have a pathogenic effect, forming the HDCT phenotype.