Details

Title: Локализации бактериального белка DpsI в ходе инфекции клеток бактериофагом phiKZ: выпускная квалификационная работа бакалавра: направление 03.03.02 «Физика» ; образовательная программа 03.03.02_02 «Биохимическая физика»
Creators: Ничипоренко Анна Сергеевна
Scientific adviser: Якунина Мария Вячеславовна
Other creators: Каасик Владимир Паулович
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт электроники и телекоммуникаций
Imprint: Санкт-Петербург, 2021
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: бактериофаг; phiKZ; Pseudomonas aeruginosa; инфекция; псевдо-ядро; DpsI; связывание ДНК; флуоресцентная микроскопия; bacteriophage; infection; pseudo-nucleus; DNA binding; fluorescent microscopy
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Level of education: Bachelor
Speciality code (FGOS): 03.03.02
Speciality group (FGOS): 030000 - Физика и астрономия
Links: Отзыв руководителя; Отчет о проверке на объем и корректность внешних заимствований
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2021/vr/vr21-3656
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Record key: ru\spstu\vkr\14539

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Тема выпускной квалификационной работы: «Локализации бактериального белка DpsI в ходе инфекции клеток бактериофагом phiKZ» Данная работа посвящена наблюдению локализации в инфицированных бактериофагом phiKZ клетках белка DpsI, который предположительно связывает и защищает бактериальный нуклеоид от ДНКаз вируса во время инфекции. Известно, что бактериофаг phiKZ образует в клетке псевдо-ядро, ДНК хозяина присутствует в клетке до последней стадии инфекции. Предположили, что ДНК бактерии защищена от действия ДНКаз, так как она связана с серосодержащими ДНК-связывающими белками. Одним из таких белков является белок из голодающих клеток (DpsI), трансляция которого начинается в стрессовых условиях, связанных с инфекцией. С целью проверки данного предположения передо мной были поставлены следующие задачи: 1) наработка ДНК-фрагмента, содержащего ген белка DpsI; 2) клонирование полученного фрагмента, слитого с кодирующей последовательностью флуоресцентного белка, в шаттл-вектор; 3) трансформация полученной конструкцией бактериальных клеток и подбор условий экспрессии; 4) инфицирование клеток и наблюдение локализации белка в ходе инфекции с помощью флуоресцентной микроскопии. Работа проведена на базе Научно-исследовательского комплекса «Нанобиотехнологии» (НИК «НаноБио») В результате была получена конструкция, которой трансформировали бактериальные клетки и наблюдали экспрессию с помощью флуоресцентной микроскопии. Исходя из качественного анализа полученных изображений можно сделать следующие выводы: белок не проникает в псевдо-ядро и равномерно распределяется в цитоплазме вне псевдоядра. Белок склонен к образованию агрегатов, для наблюдения его локализации требуются правильно подобранные условия. На данный момент остается открытым вопрос, связывает ли белок ДНК или РНК, необходимы дальнейшие исследования.

Topic of graduation qualification work: «Localization of DNA-binding protein from starved cells (DpsI) Pseudomonas aeruginosa during infection with bacteriophage phiKZ» This work is intended to observe localization in bacteriophage-infected cells of the DpsI protein, which supposedly binds and protects the bacterial nucleoid from the DNAse of the phiKZ virus during infection. PhiKZ bacteriophage is known to form a pseudo-nucleus in a cell, with host DNA present in the cell until the final stage of infection. It has been suggested that bacterial DNA is protected from the action of DNA, as it is associated with sulfur-containing DNA-binding proteins. One such protein is a protein from starving cells (DpsI), whose translation begins in stressful conditions associated with infection. In order to verify this assumption, I have been given the following tasks: 1) amplification of a DNA fragment containing the gene DpsI; 2) cloning of the resulting fragment, merged with the fluorescent protein coding sequence, into a shuttle vector; 3) transformation of bacterial cell design and selection of expression observation condition; 4) cell infection and protein localization observation by fluorescent microscopy. The work was carried out on the basis of the research complex «Nanobiotechnologies» (NIK «NanoBio»). The result was a construction that was transformed by bacterial cells and observed expression by fluorescent microscopy. From a qualitative analysis of the images obtained, the following conclusions can be drawn: the protein does not penetrate the pseudo-nucleus and is distributed evenly in the cytoplasm outside the pseudo-nucleus. The protein is prone to the formation of aggregates, the observation of its localization requires well-chosen conditions. It is not clear whether the protein binds DNA or RNA, and further research is needed.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
External organizations N2 All Read
External organizations N1 All
Internet Authorized users SPbPU Read Print Download
Internet Authorized users (not from SPbPU, N2) Read
Internet Authorized users (not from SPbPU, N1)
-> Internet Anonymous

Usage statistics

stat Access count: 6
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics