Details

Title: Влияние эффектов, связанных с локальными концентрациями ионов солей, на измеряемые параметры в малоуг­ловом рассеянии нейтронов: выпускная квалификационная работа бакалавра: направление 03.03.02 «Физика» ; образовательная программа 03.03.02_02 «Биохимическая физика»
Creators: Иванова Надежда Сергеевна
Scientific adviser: Каасик Владимир Паулович; Швецов Алексей Валерьевич
Other creators: Каасик Владимир Паулович
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт электроники и телекоммуникаций
Imprint: Санкт-Петербург, 2021
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: ионная оболочка; локальные концентрации ионов; ма­лоугловое рассеяние нейтронов; радиус гирации; молекулярная динамика; GROMACS; ion shell; local ion concentrations; small-angle neutron scattering; radius of gyration; molecular dynamics
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Level of education: Bachelor
Speciality code (FGOS): 03.03.02
Speciality group (FGOS): 030000 - Физика и астрономия
Links: Отзыв руководителя; Отчет о проверке на объем и корректность внешних заимствований
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2021/vr/vr21-5138
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Record key: ru\spstu\vkr\14571

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

В данной работе представлен метод расчёта сеток плотностей длин рассеяния по траектории молекулярной динамики с использованием гауссовых функций. По полученным сеткам рассчитаны кривые малоуглового рассеяния нейтронов двух белковых систем (лизоцим курицы и бычий сывороточный альбумин) с различными значениями концентраций солей и зарядового состояния молекул. С помощью аппроксимации Гинье получены значения радиусов гирации, соответствущие различным параметрам систем, и проанализированы их отличия.

This paper presents a method of calculation of the scattering length density grids based on molecular dynamics trajectories using Gaussian functions. The obtained grids were used to calculate the small-angle neutron scattering for two protein systems (chicken lysozyme and bovine serum albumin) at different salt concentrations and charge states. With the use of Guinier approximation the gyration radii values correpsonding to various system parameters were obtained, and then the diffrence between them was analyzed.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
External organizations N2 All Read
External organizations N1 All
Internet Authorized users SPbPU Read Print Download
Internet Authorized users (not from SPbPU, N2) Read
Internet Authorized users (not from SPbPU, N1)
-> Internet Anonymous

Table of Contents

  • Список сокращений и условных обозначений
  • ВВЕДЕНИЕ
  • ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1.1. Гидратационная оболочка макробиомолекул
    • 1.2. Гидратационные эффекты в МУРР и МУРН
    • 1.3. Проблемы интерпретации кривых МУРН и МУРР
    • 1.4. Расчёт кривых МУРН и МУРР с помощью молекулярной динамики
    • 1.5. Ионная оболочка биомакромолекул
  • ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • 2.1. Подготовка систем к молекулярной динамике
    • 2.2. Молекулярная динамика и анализ траектории в GROMACS
    • 2.3. Расчёт сетки плотности длин рассеяния и кривых МУРН
    • 2.4. Анализ полученной кривой МУРН
  • ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
    • 3.1. Графики радиальной функции распределения
    • 3.2. Сетки плотностей вероятностей пространственного расположения
    • 3.3. Расчётные кривые малоуглового рассеяния нейтронов
    • 3.4. Расчётные значения радиусов гирации систем
  • ЗАКЛЮЧЕНИЕ
  • ВЫВОДЫ

Usage statistics

stat Access count: 0
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics