Тема выпускной квалификационной работы: «Оценка экспрессии генов, индуцируемых интерферонами 1 типа у пациентов с аутоиммунными заболеваниями». В ходе выполнения работы был разработан тест для определения уровня экспрессии интерферонов 1 типа у пациентов с аутоиммунными заболеваниями, основанный на методе полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием TaqMan зондов. Тест базируется на оценке средней экспрессии 5 генов (IFI44L, IFI44, IFIT3, LY6E, MX1), индуцируемых интерферонами типа 1. Путем изучения выборки здоровых индивидуумов был установлен нормальный диапазон вариаций ИФН1-индекса. Исследование ИФН1-индекса продемонстрировало, что этот показатель действительно пригоден для детекции избыточной активации интерферонового каскада: медианы значений ИФН1-индекса у пациентов с ювенильным дерматомиозитом (ЮДМ) и системной красной волчанкой (СКВ) существенно превышали таковые в группе здоровых доноров. Среднее значение ИФН1-индекса у пациентов с ЮДМ в активной фазе заболевания (обострение) было существенно выше, чем у пациентов в неактивной фазе (ремиссия). Около половины пациентов с клинико-лабораторными признаками интерферонопатии (недифференцированные интерферонопатии) имеют повышенный ИФН1-индекс. Взяты несколько пациентов в динамике: снижение ИФН1-индекса после курса терапии достоверно. Значения ИФН1-индекса, полученные с помощью данного теста, значимо коррелируют с фазой заболевания, интенсивностью терапии и позволяют оценить общее состояние пациента и роль ИФН в патогенезе заболевания.

The topic of the final qualifying work: "Evaluation of the expression of genes induced by type 1 interferons in patients with autoimmune diseases." In the course of the work, a test was developed to determine the expression level of type 1 interferons in patients with autoimmune diseases. The method is the real-time polymerase chain reaction method using TaqMan probes. The test is based on the assessment of the average expression of 5 genes (IFI44L, IFI44, IFIT3, LY6E, MX1) induced by type 1 interferons. By studying a sample of healthy individuals, a normal range of IFN1 index variations was established. The study of the IFN-1 index demonstrated that this indicator is suitable for detecting excessive activation of the interferon cascade: the median values of the IFN1-index in patients with JDM and SLE significantly exceeded those in the group of healthy donors. The average IFN-1 score in patients with JDM in the active phase of the disease (exacerbation) was significantly higher than in patients in the inactive phase (remission). About half of patients with clinical and laboratory signs of interferonopathy (undifferentiated interferonopathies) have an increased IFN1 score. At the same time, a significant increase in the IFN1 score is not typical for patients with systemic JIA, nonspecific aortoarteritis, eosinophilic fasciitis, and undifferentiated cutaneous vasculitis. Several patients were taken in dynamics: the decrease in the index after the course of therapy is significant. The IFN index values obtained using this test significantly correlate with the phase of the disease, the intensity of therapy and allow assessing the general condition of the patient and the role of IFN in the pathogenesis of the disease.

• РЕФЕРАТ
• ABSTRACT
• СОДЕРЖАНИЕ
• ВВЕДЕНИЕ
• ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
• 1.1. Обзор патологических состояний.
• 1.2. Роль ИФН-I в молекулярном патогенезе аутоиммунных заболеваний.
• 1.3. Количественная оценка ИФН
• ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
  • 2.1. Формирование коллекции образцов
  • 2.2. Разработка теста на экспрессию генов, индуцированных интерфероном типа 1 (Type I IFN signature). Выбор генов
  • 2.3. Методы исследования
  • 2.3.1. Подготовка образцов
  • 2.3.2. Разработка теста
  • 2.3.3. ПЦР в режиме реального времени с интеркалирующим красителем
  • 2.3.4. ПЦР в режиме реального времени с TaqMan зондами
  • 2.3.5. Цифровая капельная ПЦР
  • 2.4. Сравнение методов
  • 2.4.1. Сравнение результатов, полученных с помощью TaqMan-зондов и интеркалирующего красителя SYBR
  • 2.4.2. Сравнение ИФ-профилей по 5 и 6 генам
  • 2.4.3. Сравнение результатов, полученных ПЦР в реальном времени и цифровой капельной ПЦР.
  • 2.5. Обработка результатов
  • 2.5.1. Нормировка экспрессии
  • 2.5.2. Выбор порогового значения
• ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
  • 3.1. Оценка значимости ИФН-индекса у пациентов/ЗД
  • Таблица 3.
  • 3.2. Характеристика пациентов с СКВ (славянской) в зависимости от уровня ИФН-1-индекса
  • 3.3. Наиболее явные маркеры высокого ИФН-индекса из 5 генов, включенных в тест.
• ВЫВОДЫ
• СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
• ПРИЛОЖЕНИЕ 1