Детальная информация

Тема выпускной квалификационной работы: «Методика оценки достижения состояния равновесия молекулярной системы по данным молекулярной динамики». Данная работа посвящена разработке методики оценки состояний равновесия молекулярной системы. Целью данной работы является определить критерий равновесия системы и проверить поведение молекулярных систем в стабильном и нестабильном состоянии двумя методами обсчета систем: атомами и аминокислотными остатками. Для достижения поставленной цели использовались методы молекулярной динамики. С помощью этих методов были получены матрицы расстояний, гистограммы и тепловые карты белка TRP CAGE и фрагмента G-квадруплекса ДНК. Было получено, что расчет систем остатками не имеет сильного отличия от честного расчета атомами. В дальнейшем это можно использовать для полноценной оценки состояния равновесия, которое будет считать сколько система находится в стабильном состоянии и находится ли она в нем вообще.

The topic of the final qualifying work: "Methodology for assessing the achievement of the equilibrium state of a molecular system according to molecular dynamics data." This work is devoted to the development of a methodology for assessing the states of equilibrium of a molecular system. The purpose of this work is to determine the criterion of the equilibrium of the system and to test the behavior of molecular systems in a stable and unstable state by two methods of calculating systems: atoms and amino acid residues. To achieve this goal, the me thods of molecular dynamics were used. Using these methods, distance matrices, histograms, and heat maps of the TRP CAGE protein and a fragment of the G-DNA quadruplex were obtained. It was found that the calculation of systems by residues does not differ much from the honest calculation by atoms. In the future, this can be used for a full assessment of the state of equality, which will count how long the system is in a stable state and whether it is in it at all.