Детальная информация

В этой работе проведен сравнительный анализ методов, которые могут быть применены при решении задачи поиска дифференциальных по метрике нестабильности сигнала покрытия регионов. Выявлен наиболее применимый, стабильный в работе и эффективный метод. С ним производились дальнейшая оптимизация и анализ получаемых результатов. Произведен поиск оптимальных параметров выбранного метода для обеспечения наилучшего соответствия регионов, полученных в результате его работы, с интервалами эталонного набора данных с применением метрик сравнения регионов по их пересечению и взаимному расположению. Выполнено исследование по поиску оптимального порядка разбиения генома на интервалы, для которых вычисляется метрика нестабильности сигнала покрытия. Получена визуализация результатов работы метода по аналогии с графиками, которые обычно строятся в контексте задачи поиска дифференциальной экспрессии ввиду ее схожести с решаемой задачей. Было проведено сравнение выбранного метода с одним из отвергнутых для демонстрации преимуществ первого в контексте задачи этого исследования. В итоге данной работы сделаны выводы и получены результаты, которые могут быть применены для дальнейших исследований в этой области, уточнения результатов работы метода, их улучшения.

In this paper, a comparative analysis of methods that can be applied to solve the problem of searching for regions that are differential in terms of the instability metric of the coverage signal is carried out. The most applicable, stable, and best-performing method has been identified. Further optimization and analysis of the obtained results were carried out with it. The optimal parameters of the selected method have been identified to ensure the best match of the regions obtained as a result of its operation with the intervals of the reference dataset using metrics for comparing regions by their intersection and relative location. A study has been performed to find the optimal order of division of the genome into intervals for which the metric of instability of the coverage signal is pre-calculated. The visualization of the results of the method is obtained by analogy with graphs, which are usually constructed in the context of the problem of searching for differential expression due to its similarity to the problem being solved. A comparison of the chosen method with one of the rejected methods was carried out to demonstrate the advantages of the former in the context of the task of this study. As a result of this work, conclusions were drawn and results were obtained that can be applied for further research in this area, clarifying the results of the method, and improving them.

• Сравнительный анализ и оптимизация методов идентификации регионов нестабильности генома
  • Введение
  • 1. Обзор данных и дополнительных инструментов
  • 2. Обзор методов
  • 3. Результаты
  • Заключение
  • Список сокращений и условных обозначений
  • Словарь терминов
  • Список использованных источников