Детальная информация

Данная работа посвящена исследованию транслокаций, ассоциированных с опухолью поджелудочной железы с целью поиска специфических мишеней для назначения таргетной терапии. Для достижения поставленной цели были применены следующие методы: анализ плавления высокого разрешения (HRM), аллель-специфическая ПЦР (AS-PCR), цифровая капельная ПЦР (Digital droplet PCR), обратно-транскрипционная ПЦР (RT-PCR), ПЦР в реальном времени (Real-time PCR). В результате тестирования удалось выявить 5 позитивных случая, демонстрирующих дисбаланс экспрессии перестраиваемых генов (3 случая ALK, 1 – RET, 1 – NTRK1). С помощью вариант-специфической ПЦР были определены перестройки EML4-ALK (E13;A20), NCOA4-RET (N7;R12), оставшиеся 2 случая содержали редкие химерные транскрипты, которые были идентифицированы с помощью таргетного NGS-секвенирования: COL1A1-ALK (C25;del50A20), GCC2-ALK (G7;A20), GP2-NTRK1 (G3;N8). Важно заметить, что в данных образцах не было выявлено мутаций в гене KRAS, что дополнительно подтверждает нашу гипотезу о том, что статус мутации KRAS может быть использован как предиктивный маркер для оптимизации поиска транcлокаций. Таким образом, тестирование KRAS-негативных образцов РПЖ является перспективной задачей, так как выявление новых мишеней для таргетной терапии может сыграть ключевую роль в отношении улучшения выживаемости при данном типе злокачественного новообразования.

The current research is devoted to study of translocations associated with pancreatic tumors in order to find specific targets for the prescription of targeted therapy. The following methods were used to achieve this aim: high resolution melting analysis (HRM), allele specific PCR (AS-PCR), digital droplet PCR, reverse transcriptional PCR (RT-PCR), real-time PCR. Testing revealed 5 positive cases showing an imbalance in the expression of rearranged genes (3 cases ALK, 1 case RET, 1 case NTRK1). Using variant-specific PCR, rearrangements of EML4-ALK (E13;A20), NCOA4-RET (N7;R12) were identified, the remaining 2 cases contained rare chimeric transcripts that were identified by targeted NGS sequencing: COL1A1-ALK (C25;del50A20),  GCC2-ALK (G7;A20), GP2-NTRK1 (G3;N8). It is important to note that no mutations in the KRAS gene were detected in these samples, which further supports our hypothesis that KRAS mutation status can be used as a predictive marker to optimise translocation search. Thus, testing KRAS negative samples of pancreatic cancer is a promising task, as the identification of new targets for targeted therapies may play a key role with respect to improving survival in this type of malignancy.

• ВЫПУСКНАЯ КВАЛИФИКАЦИОННАЯ РАБОТА РАБОТА БАКАЛАВРА
• РЕФЕРАТ
• ABSTRACT
• СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
• ВВЕДЕНИЕ
• Задачи:
• ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
• 1.1. Эпидемиология опухоли поджелудочной железы, факторы риска
• 1.2. Резектабельность опухоли поджелудочной железы
• 1.3. Агрессивность опухоли поджелудочной железы
• 1.4. Адъювантная химиотерапия
• 1.5. Неоадъювантная химиотерапия
• 1.6. Радиотерапия
• 1.7. Иммунотерапия
• 1.8. Молекулярные особенности рака поджелудочной железы
• 1.9. Транслокации с участием генов рецепторных тирозинкиназ
• 1.12. Семейство генов NTRK
• 1.13. Таргетное ингибирование РТК
• 1.14. Резистентность к таргетной терапии
• ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
• 2.1. Формирование выборки образцов
• 2.2. KRAS тестирование
• 2.2.1. HRM анализ
• 2.2.2. Аллель – специфическая ПЦР
• 2.2.3. Цифровая капельная ПЦР
• 2.3. Тестирование образцов на наличие транслокаций с участием РТК
• 2.3.1 Верификация транслокаций
• 2.4. Обработка полученных результатов
• ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
• 3.1. Исследование образцов на наличие мутаций в гене KRAS
• 3.2. Исследование на транслокации KRAS положительных и KRAS отрицательных групп
• 3.3. Составление таблицы сопряженности для KRAS– положительных и KRAS– отрицательных групп
• 3.4. Описание оптимального алгоритма молекулярно– генетического тестирования пациентов с РПЖ
• ЗАКЛЮЧЕНИЕ
• СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ