Амикумацин А относится к группе изокумариновых антибиотиков и обладает значительной антибактериальной активностью. Известно, что антибиотик связывается в Е сайте 30S субчастицы рибосомы, образуя контакты с консервативными нуклеотидами 16S рРНК и нуклеотидами мРНК в районе стартового кодона. В данной работе показано, что основной этап трансляции, который подавляет амикумацин А – это транслокация. На этом этапе антибиотик понижает скорость перемещения пептидил-тРНК из А в Р сайт рибосомы и нарушает функциональную активность рибосомы. В работе проведено детальное исследование кинетики реакции транслокации, в том числе в присутствии антибиотиков – специфических ингибиторов транслокации и для рибосом с удаленными участками ASF 23S рРНК. Также изучены функциональные особенности элонгационного фактора из термофильных и мезофильных микроорганизмов. Кроме того, в данной работе также изучен механизм устойчивости к антибиотику, возникающий за счет замены аминокислот (G542V или G581A) или вставки (ins544K) в элонгационном факторе EF-G.

Amicoumacin A belongs to the group of isocoumarin antibiotics and has a strong antimicrobial activity. Recently it was shown, that the antibiotic binds at the E site of the 30S ribosome subunit, forming contacts with the nucleotides of 16S rRNA and mRNA at the start codon region. In this study, it is shown that the main step of translation inhibited by amicoumacin A is translocation. At this step, the antibiotic decreases the rate of peptidyl-tRNA movement from the A to P site of the ribosome and hampers the functional activity of the ribosome. Translocation reaction was studied by means of pre-steady state kinetics, including reactions inhibited by antibiotics, with partially ASF-shortened ribosomes. Functional activities of elongation factors G from mesophilic and thermophilic bacteria was studied. In addition, this work also reveals the mechanism of resistance to the antibiotic by specific aminoacid substitutions (G542V or G581A) or insertion (ins544K) in the elongation factor EF-G.