Предложен подход к комплексной оценке уровня интеграции ВУЗа в НИС. Представлены достоверные результаты исследования по оценке уровня интеграции в НИС 21 ВУЗа, участвующего в проекте «5 в 100» за 2015 год. На основе апробации разработанного методического подхода, представлены матрица состояний эффективности инновационной деятельности ВУЗа и алгоритм развития механизма интеграции, позволяющие выявить направления развития инновационной деятельности для каждого из четырех состояний. Разработаны методические и практические рекомендации по формированию и развитию механизма интеграции Университета в национальную инновационную систему.