Details
| Title | Точное оценивание уровня экспрессии генов в droplet-based single-cell RNA-seg экспериментах: магистерская диссертация: 01.04.02 |
|---|---|
| Creators | Петухов Виктор Сергеевич |
| Scientific adviser | Козлов Константин Николаевич |
| Organization | Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт прикладной математики и механики |
| Imprint | Санкт-Петербург, 2017 |
| Collection | Выпускные квалификационные работы ; Общая коллекция |
| Subjects | Обучающие машины ; РНК-секвенирование ; отдельные клетки ; Байесовский подход |
| UDC | 577.21:004.6(043.3) |
| Document type | Master graduation qualification work |
| File type | |
| Language | Russian |
| Level of education | Master |
| Speciality code (FGOS) | 01.04.02 |
| Speciality group (FGOS) | 010000 - Математика и механика |
| DOI | 10.18720/SPBPU/2/v17-3309 |
| Rights | Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование) |
| Record key | RU\SPSTU\edoc\44622 |
| Record create date | 10/13/2017 |
Allowed Actions
–
Action 'Read' will be available if you login or access site from another network
Action 'Download' will be available if you login or access site from another network
| Group | Anonymous |
|---|---|
| Network | Internet |
РНК-секвенирование является стремительно развивающейся областью и имеет множество приложений в биологии и медицине. Развитие технологии в последние годы на порядки увеличило объемы секвенируемых данных. Вместе с увеличением объема в данных вырос уровень технического и биологического шума. На данный момент задача его фильтрации является нерешенной. Наличие шума в данных приводит к искажению информации об уровне эксперсси и понижает точность дальнейшего анализа. Целью этой работы была разработка эффективных вычислительных методов для исправления возможных ошибок во время подготовки и секвенирования биологических данных. Все разработанные методы были применены к реальным данным. Была показана их эффективность по сравнению с имеющимися методами, а также их применимость к различным типам данных и различным протоколам секвенирования.
| Network | User group | Action |
|---|---|---|
| ILC SPbPU Local Network | All |
|
| Internet | Authorized users SPbPU |
|
| Internet | Anonymous |
|
- Список терминов и обозначений
- Введение
- Обзор литературы
- Методы и применение РНК-секвенирования отдельных клеток
- Коллизии в следствие недостаточного размера набора молекулярных идентификаторов
- Завышение оценки уровня генной экспрессии из-за ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов могут
- Фильтрация клеток, полученных после секвенирования
- Выводы
- Постановка задачи
- Методы
- Алгоритм исправления коллизий молекулярных идентификаторов
- Алгоритм исправления ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов
- Простой алгоритм оценки вероятности ошибки
- Оценка распределения числа различных молекулярных идентификаторов со схожей последовательностью
- Построение решающего правила
- Итеративная процедура удаления ошибочных молекулярных идентификаторов
- Алгоритм исправления ошибок клеточных баркодов
- Алгоритм фильтрации клеток, полученных после секвенирования
- Разработанное ПО
- Выводы
- Результаты
- Недостаточный размер набора UMI может привести к коллизиям
- Анализ предыдущих работ по исправлению ошибок
- Исправление ошибок молекулярных идентификаторов повышает корреляцию между клетками
- Исправление ошибок клеточных баркодов без использования информации о списке использованных последовательностей
- Анализ источников низкокачественных клеток
- Фильтрация низкокачественных клеток
- Выводы
- Охрана труда
- Повышенное зрительное напряжение
- Костно-мышечные напряжения
- Уровень шума
- Требования к микроклимату помещения
- Требования пожарной безопасности
- Электробезопасность
- Электромагнитные поля и последствия их воздействия
- Заключение
- Список литературы
Access count: 437
Last 30 days: 0
