Details

Петухов, Виктор Сергеевич. Точное оценивание уровня экспрессии генов в droplet-based single-cell RNA-seg экспериментах [Электронный ресурс]: магистерская диссертация: 01.04.02 / В. С. Петухов; Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого, Институт прикладной математики и механики ; науч. рук. К. Н. Козлов. — Электрон. текстовые дан. (1 файл : 8,34 Мб). — Санкт-Петербург, 2017. — Загл. с титул. экрана. — Свободный доступ из сети Интернет (чтение, печать, копирование). — Adobe Acrobat Reader 7.0. — <URL:http://elib.spbstu.ru/dl/2/v17-3309.pdf>. — <URL:http://doi.org/10.18720/SPBPU/2/v17-3309>.

Record create date: 10/13/2017

Subject: Обучающие машины; РНК-секвенирование; отдельные клетки; Байесовский подход

UDC: 577.21:004.6(043.3)

Collections: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция

Links: DOI

Allowed Actions: Read Download (8.3 Mb) You need Flash Player to read document

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

РНК-секвенирование является стремительно развивающейся областью и имеет множество приложений в биологии и медицине. Развитие технологии в последние годы на порядки увеличило объемы секвенируемых данных. Вместе с увеличением объема в данных вырос уровень технического и биологического шума. На данный момент задача его фильтрации является нерешенной. Наличие шума в данных приводит к искажению информации об уровне эксперсси и понижает точность дальнейшего анализа. Целью этой работы была разработка эффективных вычислительных методов для исправления возможных ошибок во время подготовки и секвенирования биологических данных. Все разработанные методы были применены к реальным данным. Была показана их эффективность по сравнению с имеющимися методами, а также их применимость к различным типам данных и различным протоколам секвенирования.

Document access rights

Network User group Action
FL SPbPU Local Network All Read Print Download
-> Internet All Read Print Download

Table of Contents

  • Список терминов и обозначений
  • Введение
  • Обзор литературы
    • Методы и применение РНК-секвенирования отдельных клеток
    • Коллизии в следствие недостаточного размера набора молекулярных идентификаторов
    • Завышение оценки уровня генной экспрессии из-за ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов могут
    • Фильтрация клеток, полученных после секвенирования
    • Выводы
  • Постановка задачи
  • Методы
    • Алгоритм исправления коллизий молекулярных идентификаторов
    • Алгоритм исправления ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов
      • Простой алгоритм оценки вероятности ошибки
      • Оценка распределения числа различных молекулярных идентификаторов со схожей последовательностью
      • Построение решающего правила
      • Итеративная процедура удаления ошибочных молекулярных идентификаторов
    • Алгоритм исправления ошибок клеточных баркодов
    • Алгоритм фильтрации клеток, полученных после секвенирования
    • Разработанное ПО
    • Выводы
  • Результаты
    • Недостаточный размер набора UMI может привести к коллизиям
    • Анализ предыдущих работ по исправлению ошибок
    • Исправление ошибок молекулярных идентификаторов повышает корреляцию между клетками
    • Исправление ошибок клеточных баркодов без использования информации о списке использованных последовательностей
    • Анализ источников низкокачественных клеток
    • Фильтрация низкокачественных клеток
    • Выводы
  • Охрана труда
    • Повышенное зрительное напряжение
    • Костно-мышечные напряжения
    • Уровень шума
    • Требования к микроклимату помещения
    • Требования пожарной безопасности
    • Электробезопасность
    • Электромагнитные поля и последствия их воздействия
  • Заключение
  • Список литературы

Document usage statistics

stat Document access count: 371
Last 30 days: 11
Detailed usage statistics