В данной работе были рассмотрены два подхода ускорения алгоритма парного выравнивания на основании апостериорной информации о смещении рестрикционных карт относительно друг друга. Каждый из подходов был запрограммирован и проведен их сравнительный анализ. Сравнение подходов проведено по таким критериям, как временная сложность. Предложены критерии выбора алгоритмов выравнивания при различных условиях.