В рамках исследования проведен анализ нормативно-правовой базы регулирования инновационной деятельности, выявлены актуальные проблемы организации инновационной деятельности в Санкт-Петербурге. Автором сформулированы рекомендации по реформированию региональной инновационной системы Санкт-Петербурга, предложен механизм организации инновационного производства с помощью создания индустриальных парков, обеспечивающих размещение и развитие субъектов инновационного производства. Разработаны критерии и показатели эффективности государственного регулирования инновационной деятельности. Внедрение указанных механизмов будет способствовать росту числа инновационно-ориентированных предприятий, объёма выпуска инновационных товаров, в целом, положительной динамике показателей инновационного развития Санкт-Петербурга.