Details

Наджафи, Мождаба Ошнари. Моделирование регуляторной сети gap генов [Электронный ресурс]: магистерская диссертация: 03.04.02 / М. О. Наджафи; Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого, Институт физики, нанотехнологий и телекоммуникаций ; науч. рук. В. В. Гурский. — Электрон. текстовые дан. (1 файл : 0,99 Мб). — Санкт-Петербург, 2017. — Загл. с титул. экрана. — Свободный доступ из сети Интернет (чтение, печать, копирование). — Adobe Acrobat Reader 7.0. — <URL:http://elib.spbstu.ru/dl/2/v17-4203.pdf>. — <URL:http://doi.org/10.18720/SPBPU/2/v17-4203>.

Record create date: 10/24/2017

Subject: Математическое моделирование; модель экспрессии генов; регуляторные генные сети; дрозофила; эволюция; гены gap

UDC: 576.895.77:595.773.4(043.3); 519.876.5(043.3)

Collections: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция

Links: DOI

Allowed Actions: Read Download (1.0 Mb) You need Flash Player to read document

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Работа посвящена математическому моделированию эволюцию сети генов gap, которые представляют собой класс генов, контролирующих раннее развитие Drosophila melanogaster. Алгоритм моделирования включал в себя генерацию мутаций в регуляторной последовательности ДНК четырех генов gap, генетическую рекомбинацию и отбор индивидуумов, имеющих устойчивые паттерны экспрессии генов. Экспрессия генов gap для каждого индивида в каждом поколении вычислялась с помощью количественной модели (отображение генотипа в фенотип), которая была построена на основе экспериментальных данных по мРНК и белкам генов gap. Моделировалась эволюция популяции из 100 индивидов на более чем 5000 поколений, в условиях высокой скорости мутаций. Была проанализирована эволюционная динамика влияния на экспрессию (так называемые «регуляторные эффекты») от каждого участка ДНК, который связывает молекулы белков-регуляторов (сайты связывания). Была проведена классификация таких сайтов в соответствии с различными типами динамики их регуляторных эффектов и показано, что в ходе эволюции в регуляторной последовательности ДНК остается меньше сайтов, которые в совокупности становятся сильнее (в терминах регуляторных эффектов). Была вычислена корреляционная матрица, представляющая временные корреляции между регуляторными эффектами различных сайтов связывания. В корреляционной матрице превалируют положительные корреляции, что указывает на преобладание регуляторных компенсаций между сайтами белков-активаторов и сайтами белков-репрессоров. В целом, полученные результаты проливают свет на механизмы возможных перестроений ДНК в ходе эволюции и влияние этих перестроений на регуляцию развития дрозофилы.

Document access rights

Network User group Action
FL SPbPU Local Network All Read Print Download
-> Internet All Read Print Download

Document usage statistics

stat Document access count: 100
Last 30 days: 6
Detailed usage statistics