Работа посвящена математическому моделированию эволюцию сети генов gap, которые представляют собой класс генов, контролирующих раннее развитие Drosophila melanogaster. Алгоритм моделирования включал в себя генерацию мутаций в регуляторной последовательности ДНК четырех генов gap, генетическую рекомбинацию и отбор индивидуумов, имеющих устойчивые паттерны экспрессии генов. Экспрессия генов gap для каждого индивида в каждом поколении вычислялась с помощью количественной модели (отображение генотипа в фенотип), которая была построена на основе экспериментальных данных по мРНК и белкам генов gap. Моделировалась эволюция популяции из 100 индивидов на более чем 5000 поколений, в условиях высокой скорости мутаций. Была проанализирована эволюционная динамика влияния на экспрессию (так называемые «регуляторные эффекты») от каждого участка ДНК, который связывает молекулы белков-регуляторов (сайты связывания). Была проведена классификация таких сайтов в соответствии с различными типами динамики их регуляторных эффектов и показано, что в ходе эволюции в регуляторной последовательности ДНК остается меньше сайтов, которые в совокупности становятся сильнее (в терминах регуляторных эффектов). Была вычислена корреляционная матрица, представляющая временные корреляции между регуляторными эффектами различных сайтов связывания. В корреляционной матрице превалируют положительные корреляции, что указывает на преобладание регуляторных компенсаций между сайтами белков-активаторов и сайтами белков-репрессоров. В целом, полученные результаты проливают свет на механизмы возможных перестроений ДНК в ходе эволюции и влияние этих перестроений на регуляцию развития дрозофилы.