Данная работа приурочена к разработке инструментария с целью выполнения экспериментальных исследований в новейшем академическом течении - молекулярной медицине, в котором трудности диагностики, профилактики и излечения решаются на молекулярном уровне при помощи анализа нуклеиновых кислот - ДНК, РНК и продуктов их экспрессии (белков). В сегодняшний день время для проведения анализа экспертами по биоинформатике необходимо взаимодействовать с инфраструктурой, состоящей из высокопроизводительных вычислительных ресурсов, крупномасштабного хранилища и эффективных инструментов. Как правило, анализы осуществляется несколькими программными инструментами, обрабатывающими поочередно входные данные. Этапы рассмотрения, как правило, производятся в сервере либо кластере, пригодном для многоступенчатой обработки крупной информации. Для эффективного выполнения анализа необходимо использовать специализированные технологии управления workflow, которые могут улучшить проектирование и выполнение процессов с помощью высокопроизводительных вычислительных машин. Цель работы - создать инструмент, с помощью которого можно получать корректные скрипты на языке WDL, никак не вдаваясь в специфику языка. Для того чтобы получить результат пользователь должен работать только в среде с графическим дизайном. Приложение также обязано реализовывать обратный процесс - получение графической интерпретации WDL-скрипта.

• Список используемых аббревиатур
• Введение
• Глава 1. Описание проблемы и постановка задачи
  • 1.1 Описание проблемы
  • 1.2 Подход к решению проблемы
  • 1.3 Анализ подходящих языков для специалистов по биоинформатике .
    • 1.3.1 Сравнительный анализ языков
    • Выводы:
  • 1.4 Сравнительный анализ технологий и инструментальных средств для реализации пайплайнов.
    • Выводы:
  • 1.5 Выводы по главе
  • 1.6 Постановка задачи
• Глава 2 Основная концепция приложения
  • 2.1 Описание концепции приложения
  • 2.2 Некоторые пользовательские требования к приложению
  • 2.3 Архитектура приложения
  • 2.4 Стек технологий
  • 2.5 Выводы по главе 2
• Глава 3 Описание реализации
  • 3.1 Особенности реализации
    • 3.1.1 Описание интерфейса
    • 3.1.2 Реализация сущностей
    • 3.1.3 Реализация связей
  • 3.2 Архитектура
    • 3.2.1 Иерархия классов
  • 3.3 Внешний программный интерфейс приложения (API)
  • 3.4 Тестирование
  • 3.5 Выводы по главе 3
• Глава 4 Полученные результаты
  • 4.1 Статистика
  • 4.1.1 Статистика найденных ошибок
    • 4.1.2 Профилирование
  • 4.2 Не выполненные требования
  • 4.3 Выводы по главе 4
• Заключение