Существует большое разнообразие коротких биологически активных пептидов, которые обладают антиоксидантной, антибактериальной, противоопухолевой, антивозрастной и противовоспалительной активностью, участвуют в регуляции функций нейро-иммуноэндокринной системы, апоптоза, пролиферации и дифференцировке клеток. Поэтому механизмы их биологической активности привлекают все большее внимание не только в современной молекулярной биологии, биохимии и биофизике, но также в фармакологии и медицине. В этой работе мы систематически анализировали способность дипептидов (всех возможных комбинаций из 20 стандартных аминокислот) связываться со всеми возможными комбинациями тетра-нуклеотидов в центральной части днДНК в классической B-форме и глобулярными белками с помощью методов молекулярного моделирования. Эти результаты впервые проливают свет на общую картину связывания коротких пептидов с днДНК и глобулярными белками.

A large variety of short biologically active peptides possesses antioxidant, antibacterial, antitumor, anti-ageing and anti-inflammatory activity, involved in the regulation of neuro-immuno-endocrine system functions, cell apoptosis, proliferation and differentiation. Therefore, the mechanisms of their biological activity are attracting increasing attention not only in modern molecular biology, biochemistry and biophysics, but also in pharmacology and medicine. In this work, we systematically analyzed the ability of dipeptides (all possible combinations of the 20 standard amino acids) to bind with all possible combinations of tetra-nucleotides in the central part of dsDNA in the classic B-form and globular proteins using molecular docking and molecular dynamics. These results for the first time shed light onto general pattern of DNA and proteins binding with short peptides.