Details
| Title | Суперкомпьютерное моделирование динамики олигомеров ряда аминокислот (Gly, Ala, Trp, Val) в электромагнитном поле инфракрасного диапазона = Supercomputer simulation of the dynamics of oligomers of a number of amino acids (Gly, Ala, Trp, Val) in the infrared electromagnetic field // Научно-технические ведомости Санкт-Петербургского государственного политехнического университета. Сер.: Физико-математические науки. – 2026. – Т. 19, № 2. — С. 39-56 |
|---|---|
| Creators | Баранов М. А. ; Цыбин О. Ю. |
| Imprint | 2026 |
| Collection | Общая коллекция |
| Subjects | Физика ; Молекулярная физика в целом ; Радиоэлектроника ; Электроника в целом ; молекулярная динамика ; суперкомпьютерное моделирование ; олигомеры ; аминокислоты ; электромагнитные поля ; инфракрасные диапазоны ; биомолекулярная электроника ; molecular dynamics ; supercomputer modeling ; oligomers ; amino acids ; electromagnetic fields ; infrared ranges ; biomolecular electronics |
| UDC | 539.19; 621.38 |
| LBC | 22.36; 32.83 |
| Document type | Article, report |
| Language | Russian |
| DOI | 10.18721/JPM.19204 |
| Rights | Свободный доступ из сети Интернет (чтение, печать, копирование) |
| Additionally | New arrival |
| Record key | RU\SPSTU\edoc\80253 |
| Record create date | 11/11/2026 |
Суперкомпьютерное моделирование методом молекулярной динамики ряда олигомеров аминокислот позволило впервые выявить для таких частиц особенности комплекса характеристик как собственных внутримолекулярных локальных колебаний (нормальных мод), так и вынужденных колебаний в растворе при задании электромагнитного поля в дальнем и среднем ИК-диапазонах, а также различных алгоритмов структуры растворителя. Для олигомеров аминокислот Gly, Ala, Trp, Val и их групп получены амплитудно-временные зависимости энергии и электрического дипольного момента, Фурье-преобразованием которых выявлены спектры частот. Впервые обнаружены и вычислены смещения спектральных пиков, вызванные различиями алгоритмов задания структуры растворителя. Интерпретация полученных закономерностей позволила предложить непротиворечивую модель, удовлетворяющую фундаментальным физическим представлениям о внутримолекулярной и межмолекулярной динамике групп биомолекул. Эта модель допускает внутримолекулярные взаимодействия нормальных локальных колебаний, в том числе по типу Ферми-резонанса.
Supercomputer simulation of several amino acid oligomers using the molecular dynamics method has made it possible for the first time to identify a complex of characteristics of both intrinsic intramolecular local vibrations, or normal modes, and forced vibrations when specifying an alternating electric field in the IR frequency range. Amplitude-time dependences of energy and electric dipole moment were obtained for oligomers of Gly, Ala, Trp, Val amino acids, the Fourier transform of which revealed their frequency spectra. The type of solvent model was shown to significantly affect the position of spectral peaks because of variations in local interactions and system dynamics. The interpretation of the obtained patterns made it possible to propose a non-contradictory model that satisfied the fundamental physical concepts of the intramolecular and intermolecular dynamics of groups of biomolecules. The model allows for intramolecular interactions of normal local vibrations, including those of the Fermi resonance type.
| Network | User group | Action |
|---|---|---|
| ILC SPbPU Local Network | All |
|
| Internet | All |
|
