Детальная информация

РНК-секвенирование является стремительно развивающейся областью и имеет множество приложений в биологии и медицине. Развитие технологии в последние годы на порядки увеличило объемы секвенируемых данных. Вместе с увеличением объема в данных вырос уровень технического и биологического шума. На данный момент задача его фильтрации является нерешенной. Наличие шума в данных приводит к искажению информации об уровне эксперсси и понижает точность дальнейшего анализа. Целью этой работы была разработка эффективных вычислительных методов для исправления возможных ошибок во время подготовки и секвенирования биологических данных. Все разработанные методы были применены к реальным данным. Была показана их эффективность по сравнению с имеющимися методами, а также их применимость к различным типам данных и различным протоколам секвенирования.

• Список терминов и обозначений
• Введение
• Обзор литературы
  • Методы и применение РНК-секвенирования отдельных клеток
  • Коллизии в следствие недостаточного размера набора молекулярных идентификаторов
  • Завышение оценки уровня генной экспрессии из-за ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов могут
  • Фильтрация клеток, полученных после секвенирования
  • Выводы
• Постановка задачи
• Методы
  • Алгоритм исправления коллизий молекулярных идентификаторов
  • Алгоритм исправления ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов
    • Простой алгоритм оценки вероятности ошибки
    • Оценка распределения числа различных молекулярных идентификаторов со схожей последовательностью
    • Построение решающего правила
    • Итеративная процедура удаления ошибочных молекулярных идентификаторов
  • Алгоритм исправления ошибок клеточных баркодов
  • Алгоритм фильтрации клеток, полученных после секвенирования
  • Разработанное ПО
  • Выводы
• Результаты
  • Недостаточный размер набора UMI может привести к коллизиям
  • Анализ предыдущих работ по исправлению ошибок
  • Исправление ошибок молекулярных идентификаторов повышает корреляцию между клетками
  • Исправление ошибок клеточных баркодов без использования информации о списке использованных последовательностей
  • Анализ источников низкокачественных клеток
  • Фильтрация низкокачественных клеток
  • Выводы
• Охрана труда
  • Повышенное зрительное напряжение
  • Костно-мышечные напряжения
  • Уровень шума
  • Требования к микроклимату помещения
  • Требования пожарной безопасности
  • Электробезопасность
  • Электромагнитные поля и последствия их воздействия
• Заключение
• Список литературы