С 17 марта 2020 г. для образовательных ресурсов Электронной библиотеки СПбПУ установлен особый режим их использования

Детальная информация

Title: Точное оценивание уровня экспрессии генов в droplet-based single-cell RNA-seg экспериментах: магистерская диссертация: 01.04.02
Creators: Петухов Виктор Сергеевич
Scientific adviser: Козлов Константин Николаевич
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт прикладной математики и механики
Imprint: Санкт-Петербург, 2017
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: Обучающие машины; РНК-секвенирование; отдельные клетки; Байесовский подход
UDC: 577.21:004.6(043.3)
Document type: Master graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Speciality code (FGOS): 01.04.02
Speciality group (FGOS): 010000 - Математика и механика
DOI: 10.18720/SPBPU/2/v17-3309
Rights: Свободный доступ из сети Интернет (чтение, печать, копирование)

Разрешенные действия:

Действие 'Прочитать' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети Действие 'Загрузить' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети

Группа: Anonymous

Сеть: Internet

Аннотация

РНК-секвенирование является стремительно развивающейся областью и имеет множество приложений в биологии и медицине. Развитие технологии в последние годы на порядки увеличило объемы секвенируемых данных. Вместе с увеличением объема в данных вырос уровень технического и биологического шума. На данный момент задача его фильтрации является нерешенной. Наличие шума в данных приводит к искажению информации об уровне эксперсси и понижает точность дальнейшего анализа. Целью этой работы была разработка эффективных вычислительных методов для исправления возможных ошибок во время подготовки и секвенирования биологических данных. Все разработанные методы были применены к реальным данным. Была показана их эффективность по сравнению с имеющимися методами, а также их применимость к различным типам данных и различным протоколам секвенирования.

Права на использование объекта хранения

Место доступа Группа пользователей Действие
ILC SPbPU Local Network All Прочитать Печать Загрузить
Internet Authorized users Прочитать Печать Загрузить
-> Internet Anonymous

Оглавление

  • Список терминов и обозначений
  • Введение
  • Обзор литературы
    • Методы и применение РНК-секвенирования отдельных клеток
    • Коллизии в следствие недостаточного размера набора молекулярных идентификаторов
    • Завышение оценки уровня генной экспрессии из-за ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов могут
    • Фильтрация клеток, полученных после секвенирования
    • Выводы
  • Постановка задачи
  • Методы
    • Алгоритм исправления коллизий молекулярных идентификаторов
    • Алгоритм исправления ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов
      • Простой алгоритм оценки вероятности ошибки
      • Оценка распределения числа различных молекулярных идентификаторов со схожей последовательностью
      • Построение решающего правила
      • Итеративная процедура удаления ошибочных молекулярных идентификаторов
    • Алгоритм исправления ошибок клеточных баркодов
    • Алгоритм фильтрации клеток, полученных после секвенирования
    • Разработанное ПО
    • Выводы
  • Результаты
    • Недостаточный размер набора UMI может привести к коллизиям
    • Анализ предыдущих работ по исправлению ошибок
    • Исправление ошибок молекулярных идентификаторов повышает корреляцию между клетками
    • Исправление ошибок клеточных баркодов без использования информации о списке использованных последовательностей
    • Анализ источников низкокачественных клеток
    • Фильтрация низкокачественных клеток
    • Выводы
  • Охрана труда
    • Повышенное зрительное напряжение
    • Костно-мышечные напряжения
    • Уровень шума
    • Требования к микроклимату помещения
    • Требования пожарной безопасности
    • Электробезопасность
    • Электромагнитные поля и последствия их воздействия
  • Заключение
  • Список литературы

Статистика использования документа

stat Количество обращений: 427
За последние 30 дней: 4
Подробная статистика