Details

Title: Точное оценивание уровня экспрессии генов в droplet-based single-cell RNA-seg экспериментах: магистерская диссертация: 01.04.02
Creators: Петухов Виктор Сергеевич
Scientific adviser: Козлов Константин Николаевич
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт прикладной математики и механики
Imprint: Санкт-Петербург, 2017
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: Обучающие машины; РНК-секвенирование; отдельные клетки; Байесовский подход
UDC: 577.21:004.6(043.3)
Document type: Master graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Speciality code (FGOS): 01.04.02
Speciality group (FGOS): 010000 - Математика и механика
DOI: 10.18720/SPBPU/2/v17-3309
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

РНК-секвенирование является стремительно развивающейся областью и имеет множество приложений в биологии и медицине. Развитие технологии в последние годы на порядки увеличило объемы секвенируемых данных. Вместе с увеличением объема в данных вырос уровень технического и биологического шума. На данный момент задача его фильтрации является нерешенной. Наличие шума в данных приводит к искажению информации об уровне эксперсси и понижает точность дальнейшего анализа. Целью этой работы была разработка эффективных вычислительных методов для исправления возможных ошибок во время подготовки и секвенирования биологических данных. Все разработанные методы были применены к реальным данным. Была показана их эффективность по сравнению с имеющимися методами, а также их применимость к различным типам данных и различным протоколам секвенирования.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
Internet Authorized users SPbPU Read Print Download
Internet Authorized users (not from SPbPU)
-> Internet Anonymous

Table of Contents

  • Список терминов и обозначений
  • Введение
  • Обзор литературы
    • Методы и применение РНК-секвенирования отдельных клеток
    • Коллизии в следствие недостаточного размера набора молекулярных идентификаторов
    • Завышение оценки уровня генной экспрессии из-за ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов могут
    • Фильтрация клеток, полученных после секвенирования
    • Выводы
  • Постановка задачи
  • Методы
    • Алгоритм исправления коллизий молекулярных идентификаторов
    • Алгоритм исправления ошибок в последовательности молекулярных идентификаторов
      • Простой алгоритм оценки вероятности ошибки
      • Оценка распределения числа различных молекулярных идентификаторов со схожей последовательностью
      • Построение решающего правила
      • Итеративная процедура удаления ошибочных молекулярных идентификаторов
    • Алгоритм исправления ошибок клеточных баркодов
    • Алгоритм фильтрации клеток, полученных после секвенирования
    • Разработанное ПО
    • Выводы
  • Результаты
    • Недостаточный размер набора UMI может привести к коллизиям
    • Анализ предыдущих работ по исправлению ошибок
    • Исправление ошибок молекулярных идентификаторов повышает корреляцию между клетками
    • Исправление ошибок клеточных баркодов без использования информации о списке использованных последовательностей
    • Анализ источников низкокачественных клеток
    • Фильтрация низкокачественных клеток
    • Выводы
  • Охрана труда
    • Повышенное зрительное напряжение
    • Костно-мышечные напряжения
    • Уровень шума
    • Требования к микроклимату помещения
    • Требования пожарной безопасности
    • Электробезопасность
    • Электромагнитные поля и последствия их воздействия
  • Заключение
  • Список литературы

Usage statistics

stat Access count: 56
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics