Details

Title Система автоматизации построения конвейеров обработки биологических данных: бакалаврская работа: 09.03.01
Creators Пестрецов Артемий Владимирович
Scientific adviser Амосов Владимир Владимирович
Organization Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт компьютерных наук и технологий
Imprint Санкт-Петербург, 2017
Collection Выпускные квалификационные работы ; Общая коллекция
Subjects биоинформатика ; pipeline ; java ; springframework ; angularjs
Document type Bachelor graduation qualification work
File type PDF
Language Russian
Level of education Bachelor
Speciality code (FGOS) 09.03.01
Speciality group (FGOS) 090000 - Информатика и вычислительная техника
DOI 10.18720/SPBPU/2/v17-5256
Rights Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Record key RU\SPSTU\edoc\46583
Record create date 10/30/2017

Allowed Actions

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network

Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group Anonymous
Network Internet

В данной работе рассматривается разработка программного продукта для автоматизации создания конвейеров обработки биологических данных. Конвейеры обработки биологических данных используются биологами и биоинформатиками для проведения исследований над биологическими данными. Такие конвейеры описываются на специальных скриптовых языках программирования (WDL, CWL и др.). Зачастую ученые-биологи не владеют навыками программирования, поэтому возникает задача автоматизации создания таких конвейеров. При создании проекта для разработки серверной части приложения использовался язык программирования Java и SpringFramework. Для разработки клиентской части использовался язык TypeScript и фреймворк AngularJS. В качестве инструментов разработки были задействованы IntelliJ IDEA и система контроля версий git. Были изучены различные подходы к созданию масштабируемой архитектуры, алгоритмы на графах, работа с абстрактными синтаксическими деревьями. Результатом работы является веб-сервис, генерирующий скрипты описания конвейеров на языке WDL по графическому представлению конвейера. Также, система поддерживает возможность удаленного запуска конвейера на выполнение с пользовательскими данными. Проект предназначен для использования учеными-биологами для обработки биологических данных.

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All
Read Print Download
Internet Authorized users SPbPU
Read Print Download
Internet Anonymous

Access count: 267 
Last 30 days: 0

Detailed usage statistics