Details

Title: Система автоматизации построения конвейеров обработки биологических данных: бакалаврская работа: 09.03.01
Creators: Пестрецов Артемий Владимирович
Scientific adviser: Амосов Владимир Владимирович
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт компьютерных наук и технологий
Imprint: Санкт-Петербург, 2017
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: биоинформатика; pipeline; java; springframework; angularjs
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Speciality code (FGOS): 09.03.01
Speciality group (FGOS): 090000 - Информатика и вычислительная техника
DOI: 10.18720/SPBPU/2/v17-5256
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

В данной работе рассматривается разработка программного продукта для автоматизации создания конвейеров обработки биологических данных. Конвейеры обработки биологических данных используются биологами и биоинформатиками для проведения исследований над биологическими данными. Такие конвейеры описываются на специальных скриптовых языках программирования (WDL, CWL и др.). Зачастую ученые-биологи не владеют навыками программирования, поэтому возникает задача автоматизации создания таких конвейеров. При создании проекта для разработки серверной части приложения использовался язык программирования Java и SpringFramework. Для разработки клиентской части использовался язык TypeScript и фреймворк AngularJS. В качестве инструментов разработки были задействованы IntelliJ IDEA и система контроля версий git. Были изучены различные подходы к созданию масштабируемой архитектуры, алгоритмы на графах, работа с абстрактными синтаксическими деревьями. Результатом работы является веб-сервис, генерирующий скрипты описания конвейеров на языке WDL по графическому представлению конвейера. Также, система поддерживает возможность удаленного запуска конвейера на выполнение с пользовательскими данными. Проект предназначен для использования учеными-биологами для обработки биологических данных.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
Internet Authorized users Read Print Download
-> Internet Anonymous

Usage statistics

stat Access count: 264
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics