Details
Title | Система автоматизации построения конвейеров обработки биологических данных: бакалаврская работа: 09.03.01 |
---|---|
Creators | Пестрецов Артемий Владимирович |
Scientific adviser | Амосов Владимир Владимирович |
Organization | Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт компьютерных наук и технологий |
Imprint | Санкт-Петербург, 2017 |
Collection | Выпускные квалификационные работы ; Общая коллекция |
Subjects | биоинформатика ; pipeline ; java ; springframework ; angularjs |
Document type | Bachelor graduation qualification work |
File type | |
Language | Russian |
Level of education | Bachelor |
Speciality code (FGOS) | 09.03.01 |
Speciality group (FGOS) | 090000 - Информатика и вычислительная техника |
DOI | 10.18720/SPBPU/2/v17-5256 |
Rights | Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование) |
Record key | RU\SPSTU\edoc\46583 |
Record create date | 10/30/2017 |
Allowed Actions
–
Action 'Read' will be available if you login or access site from another network
Action 'Download' will be available if you login or access site from another network
Group | Anonymous |
---|---|
Network | Internet |
В данной работе рассматривается разработка программного продукта для автоматизации создания конвейеров обработки биологических данных. Конвейеры обработки биологических данных используются биологами и биоинформатиками для проведения исследований над биологическими данными. Такие конвейеры описываются на специальных скриптовых языках программирования (WDL, CWL и др.). Зачастую ученые-биологи не владеют навыками программирования, поэтому возникает задача автоматизации создания таких конвейеров. При создании проекта для разработки серверной части приложения использовался язык программирования Java и SpringFramework. Для разработки клиентской части использовался язык TypeScript и фреймворк AngularJS. В качестве инструментов разработки были задействованы IntelliJ IDEA и система контроля версий git. Были изучены различные подходы к созданию масштабируемой архитектуры, алгоритмы на графах, работа с абстрактными синтаксическими деревьями. Результатом работы является веб-сервис, генерирующий скрипты описания конвейеров на языке WDL по графическому представлению конвейера. Также, система поддерживает возможность удаленного запуска конвейера на выполнение с пользовательскими данными. Проект предназначен для использования учеными-биологами для обработки биологических данных.
Network | User group | Action |
---|---|---|
ILC SPbPU Local Network | All |
|
Internet | Authorized users SPbPU |
|
Internet | Anonymous |
|
Access count: 267
Last 30 days: 0