Details

Title: Разработка генератора скриптов на языке WDL: выпускная квалификационная работа бакалавра: 09.03.02 - Информационные системы и технологии
Creators: Валов Антон Олегович
Scientific adviser: Пономарев Алексей Геннадьевич
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт компьютерных наук и технологий
Imprint: Санкт-Петербург, 2018
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: IT-технологии; интерфейсы; языки программирования; технологии управления; генератор скриптов WDL
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Speciality code (FGOS): 09.03.02
Speciality group (FGOS): 090000 - Информатика и вычислительная техника
Links: Отзыв руководителя
DOI: 10.18720/SPBPU/2/v18-6495
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Данная работа приурочена к разработке инструментария с целью выполнения экспериментальных исследований в новейшем академическом течении - молекулярной медицине, в котором трудности диагностики, профилактики и излечения решаются на молекулярном уровне при помощи анализа нуклеиновых кислот - ДНК, РНК и продуктов их экспрессии (белков). В сегодняшний день время для проведения анализа экспертами по биоинформатике необходимо взаимодействовать с инфраструктурой, состоящей из высокопроизводительных вычислительных ресурсов, крупномасштабного хранилища и эффективных инструментов. Как правило, анализы осуществляется несколькими программными инструментами, обрабатывающими поочередно входные данные. Этапы рассмотрения, как правило, производятся в сервере либо кластере, пригодном для многоступенчатой обработки крупной информации. Для эффективного выполнения анализа необходимо использовать специализированные технологии управления workflow, которые могут улучшить проектирование и выполнение процессов с помощью высокопроизводительных вычислительных машин. Цель работы - создать инструмент, с помощью которого можно получать корректные скрипты на языке WDL, никак не вдаваясь в специфику языка. Для того чтобы получить результат пользователь должен работать только в среде с графическим дизайном. Приложение также обязано реализовывать обратный процесс - получение графической интерпретации WDL-скрипта.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
Internet Authorized users SPbPU Read Print Download
Internet Authorized users (not from SPbPU)
-> Internet Anonymous

Table of Contents

  • Список используемых аббревиатур
  • Введение
  • Глава 1. Описание проблемы и постановка задачи
    • 1.1 Описание проблемы
    • 1.2 Подход к решению проблемы
    • 1.3 Анализ подходящих языков для специалистов по биоинформатике .
      • 1.3.1 Сравнительный анализ языков
      • Выводы:
    • 1.4 Сравнительный анализ технологий и инструментальных средств для реализации пайплайнов.
      • Выводы:
    • 1.5 Выводы по главе
    • 1.6 Постановка задачи
  • Глава 2 Основная концепция приложения
    • 2.1 Описание концепции приложения
    • 2.2 Некоторые пользовательские требования к приложению
    • 2.3 Архитектура приложения
    • 2.4 Стек технологий
    • 2.5 Выводы по главе 2
  • Глава 3 Описание реализации
    • 3.1 Особенности реализации
      • 3.1.1 Описание интерфейса
      • 3.1.2 Реализация сущностей
      • 3.1.3 Реализация связей
    • 3.2 Архитектура
      • 3.2.1 Иерархия классов
    • 3.3 Внешний программный интерфейс приложения (API)
    • 3.4 Тестирование
    • 3.5 Выводы по главе 3
  • Глава 4 Полученные результаты
    • 4.1 Статистика
    • 4.1.1 Статистика найденных ошибок
      • 4.1.2 Профилирование
    • 4.2 Не выполненные требования
    • 4.3 Выводы по главе 4
  • Заключение

Usage statistics

stat Access count: 24
Last 30 days: 2
Detailed usage statistics