Генотипирование однонуклеотидного полиморфизма - часто встречаю-щаяся задача при диагностике наследственных заболеваний. Существующие методы генотипирования малопроизводительны и дороги, либо обладают низкой специфичностью. Нами был разработан новый метод с достаточно высокой специфичностью и низкой себестоимостью. Высокой специфичности удалось достичь за счет применения олигонуклеотида – «заглушки», комплементарной другой аллели. Данный подход был применен для создания диагностических систем, позволяющей выявлять у домашних кошек однонуклеотидную замену c.693+304G>A в гене PKLR, связанную с наследственным заболеванием - дефицитом пируваткиназы, а также c.1448G>C в гене GLB1, связанную с наследственным заболеванием – GM1-ганглиозидозом.

Single nucleotide polymorphism genotyping is a common hereditary diseases diagnosis problem. Existing methods of SNP genotyping are low productive, expensive or low-specific. We have developed a new method with high specificity and low cost. High specificity was reached by using an oligonucleotide – “plug” complementary to the other allele. This approach was used for developing a diagnostic systems for SNPs c.693+304G>A in feline PKLR gene, which causes a pyruvate kinase deficiency, and c.1448G>C in feline GLB1 gene, which causes a GM1 gangliosidoses.

• СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
• ВВЕДЕНИЕ
• ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
  • 1.1 Однонуклеотидный полиморфизм
  • 1.2 Методы анализа SNP, основанные на рестрикции.
  • 1.3 Методы анализа SNP, основанные на секвенировании
  • 1.4 Аллель-специфичная гибридизация
  • 1.5 Аллель-специфичное лигирование
  • 1.6 Подходы генотипирования SNP, основанные непосредственно на ПЦР
  • 1.7 Подходы генотипирования SNP на основе ПЦР-РВ.
  • 1.8 Наследственные заболевания кошки домашней, ассоциированные с SNP
    • 1.8.1 Наследственный дефицит пируваткиназы у кошки домашней
    • 1.8.2 Наследственный GM1-ганглиозидоз у кошки домашней
• ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
  • 2.1 Приборы и оборудование
  • 2.2 Высокопроизводительный поточный скрининг SNP с «заглушками»
  • 2.3 Информационные ресурсы
  • 2.4 Разработка диагностических систем на гены PKLR и GLB1 кошки домашней
  • 2.5 Выделение тотальной ДНК кошки домашней
  • 2.6 Получение положительных контролей для дикотипных и мутантных диагностических систем
    • 2.6.1 Получение положительного контроля для дикотипных
    • дигностичесих систем
    • 2.6.2 Выделение плазмидной ДНК
    • 2.6.3 Получение положительных контролей для мутантных диагностических систем
  • 2.7 Апробация диагностических систем
• ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
  • 3.1 Полученные искусственные матрицы
  • 3.2 Диагностическая система PKLR в классическом варианте
  • 3.3 Диагностические системы в варианте с «заглушками»
    • 3.3.1 Диагностическая система PKLR
• ВЫВОДЫ
• БЛАГОДАРНОСТИ
• СПИСОК ИСТОЧНИКОВ