Details

Title: Разработка и оптимизация подходов для детекции мутантных аллелей, ассоциированных с генетическими заболеваниями: выпускная квалификационная работа магистра: направление 16.04.01 «Техническая физика» ; образовательная программа 16.04.01_10 «Медицинская биотехнология»
Creators: Бенагуев Эрнест Валерьевич
Scientific adviser: Богомаз Денис Игоревич
Other creators: Октябрьский Валерий Павлович
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт биомедицинских систем и биотехнологий
Imprint: Санкт-Петербург, 2020
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: генотипирование; пцр-рв; однонуклеотидный полиморфизм; ген PKLR кошки домашней; дефицит пируваткиназы; ген GLB1 кошки домашней; GM1 ганглиозидоз; real-time pcr genotyping; single-nucleotide polymorphism; snp; feline PKLR gene; pyruvate kinase deficiency; feline GLB1 gene; GM1 gangliosidoses
Document type: Master graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Level of education: Master
Speciality code (FGOS): 16.04.01
Speciality group (FGOS): 160000 - Физико-технические науки и технологии
Links: Отзыв руководителя; Рецензия; Отчет о проверке на объем и корректность внешних заимствований
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2020/vr/vr20-1731
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать)
Record key: ru\spstu\vkr\9154

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Генотипирование однонуклеотидного полиморфизма - часто встречаю-щаяся задача при диагностике наследственных заболеваний. Существующие методы генотипирования малопроизводительны и дороги, либо обладают низкой специфичностью. Нами был разработан новый метод с достаточно высокой специфичностью и низкой себестоимостью. Высокой специфичности удалось достичь за счет применения олигонуклеотида – «заглушки», комплементарной другой аллели. Данный подход был применен для создания диагностических систем, позволяющей выявлять у домашних кошек однонуклеотидную замену c.693+304G>A в гене PKLR, связанную с наследственным заболеванием - дефицитом пируваткиназы, а также c.1448G>C в гене GLB1, связанную с наследственным заболеванием – GM1-ганглиозидозом.

Single nucleotide polymorphism genotyping is a common hereditary diseases diagnosis problem. Existing methods of SNP genotyping are low productive, expensive or low-specific. We have developed a new method with high specificity and low cost. High specificity was reached by using an oligonucleotide – “plug” complementary to the other allele. This approach was used for developing a diagnostic systems for SNPs c.693+304G>A in feline PKLR gene, which causes a pyruvate kinase deficiency, and c.1448G>C in feline GLB1 gene, which causes a GM1 gangliosidoses.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print
External organizations N2 All Read
External organizations N1 All
Internet Authorized users SPbPU Read Print
Internet Authorized users (not from SPbPU, N2) Read
Internet Authorized users (not from SPbPU, N1)
-> Internet Anonymous

Table of Contents

  • СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
  • ВВЕДЕНИЕ
  • ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1.1 Однонуклеотидный полиморфизм
    • 1.2 Методы анализа SNP, основанные на рестрикции.
    • 1.3 Методы анализа SNP, основанные на секвенировании
    • 1.4 Аллель-специфичная гибридизация
    • 1.5 Аллель-специфичное лигирование
    • 1.6 Подходы генотипирования SNP, основанные непосредственно на ПЦР
    • 1.7 Подходы генотипирования SNP на основе ПЦР-РВ.
    • 1.8 Наследственные заболевания кошки домашней, ассоциированные с SNP
      • 1.8.1 Наследственный дефицит пируваткиназы у кошки домашней
      • 1.8.2 Наследственный GM1-ганглиозидоз у кошки домашней
  • ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • 2.1 Приборы и оборудование
    • 2.2 Высокопроизводительный поточный скрининг SNP с «заглушками»
    • 2.3 Информационные ресурсы
    • 2.4 Разработка диагностических систем на гены PKLR и GLB1 кошки домашней
    • 2.5 Выделение тотальной ДНК кошки домашней
    • 2.6 Получение положительных контролей для дикотипных и мутантных диагностических систем
      • 2.6.1 Получение положительного контроля для дикотипных
      • дигностичесих систем
      • 2.6.2 Выделение плазмидной ДНК
      • 2.6.3 Получение положительных контролей для мутантных диагностических систем
    • 2.7 Апробация диагностических систем
  • ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
    • 3.1 Полученные искусственные матрицы
    • 3.2 Диагностическая система PKLR в классическом варианте
    • 3.3 Диагностические системы в варианте с «заглушками»
      • 3.3.1 Диагностическая система PKLR
  • ВЫВОДЫ
  • БЛАГОДАРНОСТИ
  • СПИСОК ИСТОЧНИКОВ

Usage statistics

stat Access count: 15
Last 30 days: 1
Detailed usage statistics