Details

Title: Сравнительный анализ методов деконволюции данных белковой масс-спектрометрии: выпускная квалификационная работа бакалавра: направление 16.03.01 «Техническая физика» ; образовательная программа 16.03.01_06 «Медицинская и биоинженерная физика»
Creators: Дерявский Артем Игоревич
Scientific adviser: Куликов Кирилл Геннадьевич
Other creators: Октябрьский Валерий Павлович; Вяткина Кира Вадимовна, зав. каф., к.ф.-м.н., доцент
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт биомедицинских систем и биотехнологий
Imprint: Санкт-Петербург, 2020
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: масс-спектрометрия; деконволюция; Ms-Deconv; TopFD; Hardklör; протеоформа; изотопный кластер; mass spectrometry; deconvolution; proteoform; isotopomer envelope
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Speciality code (FGOS): 16.03.01
Speciality group (FGOS): 160000 - Физико-технические науки и технологии
Links: Отзыв руководителя; Отчет о проверке на объем и корректность внешних заимствований
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2020/vr/vr20-3450
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Данная работа посвящена сравнительному анализу трех методов деконволюции масс-спектров «сверху-вниз». В качестве объектов анализа были использованы методы, реализованные в таких программных инструментах как TopFD, Ms-Deconv, Hardklör. В первую очередь были рассмотрены теоретические аспекты указанных методов, а затем проведено их тестирование на наборе масс-спектров «сверху-вниз» человеческого гистона H4. Далее по полученным деконволютированным масс-спектрам была произведена идентификация белков и протеоформ по базе данных с помощью программного инструмента TopPIC. Итоговый сравнительный анализ проводился по результатам предыдущего этапа идентификации. Текущие результаты анализа методов деконволюции данных белковой масс-спектрометрии позволяют сделать предварительный вывод, что для наиболее полного анализа масс-спектров «сверху-вниз» отдельных белков следует использовать сразу два инструмента деконволюции Ms-Deconv и Hardklör.

This work is devoted to a comparative analysis of three top-down mass spectral deconvolution methods. The methods used in such software tools as TopFD, Ms-Deconv, Hardklör were subject to analysis. First, the theoretical aspects of these methods were considered, and then they were tested on a set of top-down mass spectra of human histone H4. Further, based on the obtained deconvoluted mass spectra, proteins and proteoforms were identified by the database search with the TopPIC software tool. The final comparative analysis was carried out based on the results of the previous stage of identification. The current results of the analysis of methods for deconvolution of protein mass spectrometry data allow us to make a preliminary conclusion that for the most complete analysis of the "top-down" mass spectra of individual proteins, two deconvolution tools Ms-Deconv and Hardklör should be used at once.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
Internet Authorized users SPbPU Read Print Download
Internet Authorized users (not from SPbPU)
-> Internet Anonymous

Usage statistics

stat Access count: 4
Last 30 days: 3
Detailed usage statistics