Данная работа посвящена проведению виртуального скрининга лигандов для белков Sars-CoV-2, в частности, для неструктурированных белков nsp5 и nsp12. Для этого применялись методы молекулярного докинга и молекулярной динамики. Молекулярный докинг рассчитывался в программе AutoDock Vina, в то время как для молекулярной динамики и минимизации энергии использовался универсальный программный комплекс GROMACS. В качестве лигандов для молекулярного докинга служили вещества из базы данных ZINK15 в количестве 5901 единица. Полученные в результате структурированные списки лигандов из базы данных можно использовать для отбора потенциальных ингибиторов с последующим расчётом констант связывания в растворах с рекомбинантными белками. Проведение процедуры молекулярной динамики позволило оценить взаимодействие белка nsp7, прошедшего предварительную минимизацию энергии, с несколькими фрагментами последовательности кошачьего, собачьего и свиного коронавирусов NILYRSLAETR и выделить потенциальные сайты связывания с лигандом. Молекулярная динамика также позволила пронаблюдать образование амилоидоподобных фибрилл с участием NILYRSLAETR.

The given work is devoted to the virtual screening of ligands for the Sars-CoV-2 proteins, in particular, for the unstructured proteins nsp5 and nsp12. The methods of molecular docking and molecular dynamics were used. The procedure of Molecular docking has been performed using the AutoDock Vina software. The universal GROMACS software package was used for molecular dynamics and energy minimization. Substances from the ZINK15 database in the amount of 5901 units were used as ligands for molecular docking. The resulting structured ligand lists from the database can be used to select potential inhibitors with subsequent calculation of the binding constants in solutions with recombinant proteins. The molecular dynamics procedure made it possible to evaluate the interaction of the nsp7 protein, which underwent preliminary energy minimization, with several fragments of the sequence of the feline, canine, and porcine NILYRSLAETR coronaviruses and to highlight potential ligadne binding sites. Molecular dynamics also made it possible to observe the formation of amyloid-like fibrils with the participation of NILYRSLAETR.

• ВВЕДЕНИЕ
• ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
  • 1.1. 3C-подобная протеаза
  • 1.2. Комплекс nsp12, nsp7 и nsp8
  • 1.3. Nsp13
  • 1.4. Метод молекулярного докинга
    • 1.4.1. «Жёсткий» докинг
    • 1.4.2. «Гибкий» докинг
    • 1.4.3. AutoDock Vina
  • 1.5. Метод молекулярной динамики и минимизации энергии
    • 1.5.1. Метод молекулярной динамики
    • 1.5.2. Минимизация энергии
    • 1.5.3. GROMACS
• ГЛАВА 2. ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ
• ГЛАВА 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
  • 3.1. Молекулярный докинг
    • 3.1.1. Тестовая модель (белок утилизации ацетоина AcuC)
    • 3.1.2. Тестовая модель (гибкий докинг неструктурированного белка nsp5)
    • 3.1.3. Nsp5 и комплекс nsp12-nsp7-nsp8
  • 3.2. Молекулярная динамика
• ГЛАВА 4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
  • 4.1. Молекулярный докинг
    • 4.1.1. Тестовая модель (белок утилизации ацетоина AcuC)
    • 4.1.2. Тестовая модель (гибкий докинг неструктурированного белка nsp5)
    • 4.1.3. Nsp5 и комплекс nsp12-nsp7-nsp8
  • 4.2. Молекулярная динамика
• ЗАКЛЮЧЕНИЕ
• ВЫВОДЫ
• ЛИТЕРАТУРА