Details

Title: Поиск возможных ингибиторов для белков SARS-CoV-2 с помощью виртуального скрининга лигандов: выпускная квалификационная работа бакалавра: направление 03.03.02 «Физика» ; образовательная программа 03.03.02_02 «Биохимическая физика»
Creators: Горелов Сергей Васильевич
Scientific adviser: Каасик Владимир Паулович; Швецов Алексей Валерьевич
Other creators: Каасик Владимир Паулович
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт электроники и телекоммуникаций
Imprint: Санкт-Петербург, 2021
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: nsp; молекулярный докинг; молеуклярная динамика; виртуальный скрининг; структура; минимизация энергии; активный центр; бокс; AutoDock Vina; GROMACS; molecular docking; molecular dynamics; virtual screening; structure; energy minimization; active center; box
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Level of education: Bachelor
Speciality code (FGOS): 03.03.02
Speciality group (FGOS): 030000 - Физика и астрономия
Links: Отзыв руководителя; Отчет о проверке на объем и корректность внешних заимствований
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2021/vr/vr21-3069
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Record key: ru\spstu\vkr\14488

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network Action 'Download' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

Данная работа посвящена проведению виртуального скрининга лигандов для белков Sars-CoV-2, в частности, для неструктурированных белков nsp5 и nsp12. Для этого применялись методы молекулярного докинга и молекулярной динамики. Молекулярный докинг рассчитывался в программе AutoDock Vina, в то время как для молекулярной динамики и минимизации энергии использовался универсальный программный комплекс GROMACS. В качестве лигандов для молекулярного докинга служили вещества из базы данных ZINK15 в количестве 5901 единица. Полученные в результате структурированные списки лигандов из базы данных можно использовать для отбора потенциальных ингибиторов с последующим расчётом констант связывания в растворах с рекомбинантными белками. Проведение процедуры молекулярной динамики позволило оценить взаимодействие белка nsp7, прошедшего предварительную минимизацию энергии, с несколькими фрагментами последовательности кошачьего, собачьего и свиного коронавирусов NILYRSLAETR и выделить потенциальные сайты связывания с лигандом. Молекулярная динамика также позволила пронаблюдать образование амилоидоподобных фибрилл с участием NILYRSLAETR.

The given work is devoted to the virtual screening of ligands for the Sars-CoV-2 proteins, in particular, for the unstructured proteins nsp5 and nsp12. The methods of molecular docking and molecular dynamics were used. The procedure of Molecular docking has been performed using the AutoDock Vina software. The universal GROMACS software package was used for molecular dynamics and energy minimization. Substances from the ZINK15 database in the amount of 5901 units were used as ligands for molecular docking. The resulting structured ligand lists from the database can be used to select potential inhibitors with subsequent calculation of the binding constants in solutions with recombinant proteins. The molecular dynamics procedure made it possible to evaluate the interaction of the nsp7 protein, which underwent preliminary energy minimization, with several fragments of the sequence of the feline, canine, and porcine NILYRSLAETR coronaviruses and to highlight potential ligadne binding sites. Molecular dynamics also made it possible to observe the formation of amyloid-like fibrils with the participation of NILYRSLAETR.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print Download
External organizations N2 All Read
External organizations N1 All
Internet Authorized users SPbPU Read Print Download
Internet Authorized users (not from SPbPU, N2) Read
Internet Authorized users (not from SPbPU, N1)
-> Internet Anonymous

Table of Contents

  • ВВЕДЕНИЕ
  • ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1.1. 3C-подобная протеаза
    • 1.2. Комплекс nsp12, nsp7 и nsp8
    • 1.3. Nsp13
    • 1.4. Метод молекулярного докинга
      • 1.4.1. «Жёсткий» докинг
      • 1.4.2. «Гибкий» докинг
      • 1.4.3. AutoDock Vina
    • 1.5. Метод молекулярной динамики и минимизации энергии
      • 1.5.1. Метод молекулярной динамики
      • 1.5.2. Минимизация энергии
      • 1.5.3. GROMACS
  • ГЛАВА 2. ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ
  • ГЛАВА 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • 3.1. Молекулярный докинг
      • 3.1.1. Тестовая модель (белок утилизации ацетоина AcuC)
      • 3.1.2. Тестовая модель (гибкий докинг неструктурированного белка nsp5)
      • 3.1.3. Nsp5 и комплекс nsp12-nsp7-nsp8
    • 3.2. Молекулярная динамика
  • ГЛАВА 4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
    • 4.1. Молекулярный докинг
      • 4.1.1. Тестовая модель (белок утилизации ацетоина AcuC)
      • 4.1.2. Тестовая модель (гибкий докинг неструктурированного белка nsp5)
      • 4.1.3. Nsp5 и комплекс nsp12-nsp7-nsp8
    • 4.2. Молекулярная динамика
  • ЗАКЛЮЧЕНИЕ
  • ВЫВОДЫ
  • ЛИТЕРАТУРА

Usage statistics

stat Access count: 0
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics