Детальная информация

Название: Влияние эффектов, связанных с локальными концентрациями ионов солей, на измеряемые параметры в малоуг­ловом рассеянии нейтронов: выпускная квалификационная работа бакалавра: направление 03.03.02 «Физика» ; образовательная программа 03.03.02_02 «Биохимическая физика»
Авторы: Иванова Надежда Сергеевна
Научный руководитель: Каасик Владимир Паулович; Швецов Алексей Валерьевич
Другие авторы: Каасик Владимир Паулович
Организация: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Институт электроники и телекоммуникаций
Выходные сведения: Санкт-Петербург, 2021
Коллекция: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Тематика: ионная оболочка; локальные концентрации ионов; ма­лоугловое рассеяние нейтронов; радиус гирации; молекулярная динамика; GROMACS; ion shell; local ion concentrations; small-angle neutron scattering; radius of gyration; molecular dynamics
Тип документа: Выпускная квалификационная работа бакалавра
Тип файла: PDF
Язык: Русский
Уровень высшего образования: Бакалавриат
Код специальности ФГОС: 03.03.02
Группа специальностей ФГОС: 030000 - Физика и астрономия
Ссылки: Отзыв руководителя; Отчет о проверке на объем и корректность внешних заимствований
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2021/vr/vr21-5138
Права доступа: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Ключ записи: ru\spstu\vkr\14571

Разрешенные действия:

Действие 'Прочитать' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети Действие 'Загрузить' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети

Группа: Анонимные пользователи

Сеть: Интернет

Аннотация

В данной работе представлен метод расчёта сеток плотностей длин рассеяния по траектории молекулярной динамики с использованием гауссовых функций. По полученным сеткам рассчитаны кривые малоуглового рассеяния нейтронов двух белковых систем (лизоцим курицы и бычий сывороточный альбумин) с различными значениями концентраций солей и зарядового состояния молекул. С помощью аппроксимации Гинье получены значения радиусов гирации, соответствущие различным параметрам систем, и проанализированы их отличия.

This paper presents a method of calculation of the scattering length density grids based on molecular dynamics trajectories using Gaussian functions. The obtained grids were used to calculate the small-angle neutron scattering for two protein systems (chicken lysozyme and bovine serum albumin) at different salt concentrations and charge states. With the use of Guinier approximation the gyration radii values correpsonding to various system parameters were obtained, and then the diffrence between them was analyzed.

Права на использование объекта хранения

Место доступа Группа пользователей Действие
Локальная сеть ИБК СПбПУ Все Прочитать Печать Загрузить
Интернет Авторизованные пользователи СПбПУ Прочитать Печать Загрузить
-> Интернет Анонимные пользователи

Оглавление

  • Список сокращений и условных обозначений
  • ВВЕДЕНИЕ
  • ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1.1. Гидратационная оболочка макробиомолекул
    • 1.2. Гидратационные эффекты в МУРР и МУРН
    • 1.3. Проблемы интерпретации кривых МУРН и МУРР
    • 1.4. Расчёт кривых МУРН и МУРР с помощью молекулярной динамики
    • 1.5. Ионная оболочка биомакромолекул
  • ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • 2.1. Подготовка систем к молекулярной динамике
    • 2.2. Молекулярная динамика и анализ траектории в GROMACS
    • 2.3. Расчёт сетки плотности длин рассеяния и кривых МУРН
    • 2.4. Анализ полученной кривой МУРН
  • ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
    • 3.1. Графики радиальной функции распределения
    • 3.2. Сетки плотностей вероятностей пространственного расположения
    • 3.3. Расчётные кривые малоуглового рассеяния нейтронов
    • 3.4. Расчётные значения радиусов гирации систем
  • ЗАКЛЮЧЕНИЕ
  • ВЫВОДЫ

Статистика использования

stat Количество обращений: 1
За последние 30 дней: 0
Подробная статистика