В данной работе представлен метод расчёта сеток плотностей длин рассеяния по траектории молекулярной динамики с использованием гауссовых функций. По полученным сеткам рассчитаны кривые малоуглового рассеяния нейтронов двух белковых систем (лизоцим курицы и бычий сывороточный альбумин) с различными значениями концентраций солей и зарядового состояния молекул. С помощью аппроксимации Гинье получены значения радиусов гирации, соответствущие различным параметрам систем, и проанализированы их отличия.

This paper presents a method of calculation of the scattering length density grids based on molecular dynamics trajectories using Gaussian functions. The obtained grids were used to calculate the small-angle neutron scattering for two protein systems (chicken lysozyme and bovine serum albumin) at different salt concentrations and charge states. With the use of Guinier approximation the gyration radii values correpsonding to various system parameters were obtained, and then the diffrence between them was analyzed.

• Список сокращений и условных обозначений
• ВВЕДЕНИЕ
• ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
  • 1.1. Гидратационная оболочка макробиомолекул
  • 1.2. Гидратационные эффекты в МУРР и МУРН
  • 1.3. Проблемы интерпретации кривых МУРН и МУРР
  • 1.4. Расчёт кривых МУРН и МУРР с помощью молекулярной динамики
  • 1.5. Ионная оболочка биомакромолекул
• ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
  • 2.1. Подготовка систем к молекулярной динамике
  • 2.2. Молекулярная динамика и анализ траектории в GROMACS
  • 2.3. Расчёт сетки плотности длин рассеяния и кривых МУРН
  • 2.4. Анализ полученной кривой МУРН
• ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
  • 3.1. Графики радиальной функции распределения
  • 3.2. Сетки плотностей вероятностей пространственного расположения
  • 3.3. Расчётные кривые малоуглового рассеяния нейтронов
  • 3.4. Расчётные значения радиусов гирации систем
• ЗАКЛЮЧЕНИЕ
• ВЫВОДЫ