Детальная информация

Название: Оптимизация и автоматическое аннотирование конвейерных процедур обработки биоинформатических изображений: выпускная квалификационная работа бакалавра: направление 01.03.02 «Прикладная математика и информатика» ; образовательная программа 01.03.02_04 «Биоинформатика»
Авторы: Сердюков Дмитрий Владимирович
Научный руководитель: Козлов Константин Николаевич
Организация: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Физико-механический институт
Выходные сведения: Санкт-Петербург, 2023
Коллекция: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Тематика: дрозофила; графы; обработка изображений; конвейерные процедуры; аннотирование; экспрессия генов; оптимизация; автоматизация; язык программирования Python; drosophila; graphs; image processing; pipeline procedures; annotation; gene expression; optimization; automation; Python programming language
Тип документа: Выпускная квалификационная работа бакалавра
Тип файла: PDF
Язык: Русский
Уровень высшего образования: Бакалавриат
Код специальности ФГОС: 01.03.02
Группа специальностей ФГОС: 010000 - Математика и механика
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2023/vr/vr23-4618
Права доступа: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать)
Ключ записи: ru\spstu\vkr\25375

Разрешенные действия:

Действие 'Прочитать' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети

Группа: Анонимные пользователи

Сеть: Интернет

Аннотация

В данной работе разработан программный пакет на языке Python, позволяющий на основе заданного сценария обработки изображений автоматически генерировать программный код и аннотацию к нему. Кроме того, предусмотрена возможность формирования параллельно исполняемого файла, который обеспечивает более эффективное использование ресурсов. Процесс обработки биоинформатических изображений существенно улучшился, стал более эффективным, воспроизводимым и понятным для исследователей и специалистов в области биологии и медицины. Проведено тестирование и оценка разработанных методов и инструментов на подготовленном наборе данных, включающем изображения глаза дрозофилы и конвейерные процедуры для их обработки. Это помогло улучшить обнаружение молекул РНК и повысить точность анализа экспрессии генов.

In this topic, we have devised a Python software package that enables the automatic generation of program code and annotations based on predefined image processing scenarios. Furthermore, we have implemented a novel feature that allows the creation of parallel executable files, resulting in more efficient use of computational resources. Consequently, the entire process of bioinformatics image processing has significant improvements, exhibiting enhanced efficiency, reproducibility, and comprehensibility for researchers and experts in the fields of biology and medicine. Thorough testing and evaluation of the developed methodologies and tools have been conducted using a prepared dataset comprising Drosophila eye images and corresponding pipeline procedures for image processing. This contributed to improved detection of RNA molecules and improved the accuracy of gene expression analysis.

Права на использование объекта хранения

Место доступа Группа пользователей Действие
Локальная сеть ИБК СПбПУ Все Прочитать Печать
Интернет Авторизованные пользователи СПбПУ Прочитать Печать
-> Интернет Анонимные пользователи

Статистика использования

stat Количество обращений: 1
За последние 30 дней: 1
Подробная статистика