Details

Title: Оптимизация и автоматическое аннотирование конвейерных процедур обработки биоинформатических изображений: выпускная квалификационная работа бакалавра: направление 01.03.02 «Прикладная математика и информатика» ; образовательная программа 01.03.02_04 «Биоинформатика»
Creators: Сердюков Дмитрий Владимирович
Scientific adviser: Козлов Константин Николаевич
Organization: Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого. Физико-механический институт
Imprint: Санкт-Петербург, 2023
Collection: Выпускные квалификационные работы; Общая коллекция
Subjects: дрозофила; графы; обработка изображений; конвейерные процедуры; аннотирование; экспрессия генов; оптимизация; автоматизация; язык программирования Python; drosophila; graphs; image processing; pipeline procedures; annotation; gene expression; optimization; automation; Python programming language
Document type: Bachelor graduation qualification work
File type: PDF
Language: Russian
Level of education: Bachelor
Speciality code (FGOS): 01.03.02
Speciality group (FGOS): 010000 - Математика и механика
DOI: 10.18720/SPBPU/3/2023/vr/vr23-4618
Rights: Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать)
Record key: ru\spstu\vkr\25375

Allowed Actions:

Action 'Read' will be available if you login or access site from another network

Group: Anonymous

Network: Internet

Annotation

В данной работе разработан программный пакет на языке Python, позволяющий на основе заданного сценария обработки изображений автоматически генерировать программный код и аннотацию к нему. Кроме того, предусмотрена возможность формирования параллельно исполняемого файла, который обеспечивает более эффективное использование ресурсов. Процесс обработки биоинформатических изображений существенно улучшился, стал более эффективным, воспроизводимым и понятным для исследователей и специалистов в области биологии и медицины. Проведено тестирование и оценка разработанных методов и инструментов на подготовленном наборе данных, включающем изображения глаза дрозофилы и конвейерные процедуры для их обработки. Это помогло улучшить обнаружение молекул РНК и повысить точность анализа экспрессии генов.

In this topic, we have devised a Python software package that enables the automatic generation of program code and annotations based on predefined image processing scenarios. Furthermore, we have implemented a novel feature that allows the creation of parallel executable files, resulting in more efficient use of computational resources. Consequently, the entire process of bioinformatics image processing has significant improvements, exhibiting enhanced efficiency, reproducibility, and comprehensibility for researchers and experts in the fields of biology and medicine. Thorough testing and evaluation of the developed methodologies and tools have been conducted using a prepared dataset comprising Drosophila eye images and corresponding pipeline procedures for image processing. This contributed to improved detection of RNA molecules and improved the accuracy of gene expression analysis.

Document access rights

Network User group Action
ILC SPbPU Local Network All Read Print
Internet Authorized users SPbPU Read Print
-> Internet Anonymous

Usage statistics

stat Access count: 0
Last 30 days: 0
Detailed usage statistics