Муковисцидоз (cystic fibrosis, CF) является одним из наиболее распространенных наследственных заболеваний, вызванных патогенными вариантами (мутациями) в гене CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator). Целью данного исследования является разработка усовершенствованной тест-системы для поиска редких вариантов в гене CFTR, которая обеспечит высокую специфичность в определении патогенных вариантов для диагностики муковисцидоза. Было отобрано 20 различных патогенных вариантов в гене CFTR, которые наиболее актуальны для пациентов в Северо-Западном федеральном округе. Для диагностики этих вариантов была разработана in silico тест-система на основе ПЦР, ПЦР-ПДРФ и секвенирования методом Сэнгера. Полученная тест-система была верифицирована с помощью метода секвенирования по Сэнгеру на образцах ДНК, выделенной из периферической венозной крови. Разработанная тест-система используются в практике лабораторией геномики отдела геномной медицины им. В.С. Баранова ФГБНУ “НИИ АГиР им. Отта”. Данная тест-система позволяет увеличить качество диагностики патогенных вариантов при муковисцидозе для пациентов Северо-Западного федерального округа Российской Федерации, и, как следствие, улучшить точность (специфичность) выбора назначаемого лечения.

Cystic fibrosis (CF) is one of the most common hereditary diseases caused by pathogenic variants (mutations) in the CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conduction Regulator) gene. The aim of this study is to develop an improved test system for searching for rare variants in the CFTR gene, which will provide high specificity in determining pathogenic variants for the diagnosis of cystic fibrosis. 20 different pathogenic variants in the CFTR gene were selected, which are most relevant for patients in the Northwestern Federal District. To diagnose these variants, an in silico test system based on PCR, PCR-RFLP and Sanger sequencing was developed. The resulting test system was verified using the Sanger sequencing method on DNA samples isolated from peripheral venous blood. The developed test system is used in practice by the Laboratory of Genomics of the Department of Genomic Medicine named after V.S. Baranov of the Federal State Budgetary Scientific Research Institute of AGIR named after Otta.” This test system allows to increase the quality of diagnosis of pathogenic variants in cystic fibrosis for patients of the Northwestern Federal District of the Russian Federation, and, as a result, to improve the accuracy (specificity) of the choice of prescribed treatment.

• СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ
• ВВЕДЕНИЕ
• ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
  • 1.1. Этиология и патогенез муковисцидоза
  • 1.2. Молекулярно-генетическая диагностика муковисцидоза
  • 1.3. Спектр мутаций в гене CFTR в популяции Российской Федерации
• ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
  • 2.1. Материалы
  • 2.2. Методы
    • 2.2.1. Подбор олигонуклеотидов (праймеров) для выполнения ПЦР
    • 2.2.2. Формирование выборки для верификации тест-системы
    • 2.2.3. Экстракция ДНК из образцов цельной крови
    • 2.2.4. Контроль качества выделенной ДНК
    • 2.2.5. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
    • 2.3.6. Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов
    • 2.2.7. Электрофорез в полиакриламидном геле
    • 2.2.8. Секвенирование по Сэнгеру
    • 2.2.9. Поиск клинически значимых вариантах, расположенным в интронах гена CFTR
• ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
  • 3.1. Разработка тест-системы для определения патогенных вариантов в гене СFTR
  • 3.2. Контроль качества образцов ДНК, выделенных из цельной крови
  • 3.3. Верификация тест-системы
  • 3.4. Разработка тест-системы для поиска интронных патогенных вариантов в гене CFTR
  • 3.5. Анализ интронных вариантов 3849+10kbC-T (c.3717+12191C>T), c.1680-877G>T, c.1680-886A>G, c.1680-883A>G, c.3717+40A>G в группе пациентов с МВ
  • 3.6. Сравнение разработанной тест-системы с существующими методами диагностики
• ЗАКЛЮЧЕНИЕ
• СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ