Details

Мутации в генах гомологичной репарации ДНК BRCA1 и BRCA2 повышают риск развития рака молочной железы и яичников. Один из типов мутаций, протяженные делеции и дупликации с изменением копийности локусов (CNV) малоизучены и не исследуются в рамках рутинной диагностики. Выявление таких аберраций затруднено из-за ограничений стандартных методов на основе ПЦР и NGS, а специализированные подходы, например MLPA, остаются малодоступными. Цель работы – разработка и апробация методики обнаружения крупных перестроек в генах BRCA1/2 на основе цифровой капельной ПЦР (ddPCR). Исследование включало 5149 образцов ДНК от пациентов с раком молочной железы (n = 3925) и яичников (n = 1175). Первичный скрининг проводился по данным NGS, а проверка наличия CNV проводилась с помощью ddPCR. Разработанная методика была сведена к анализу количества копий экзонов вокруг точек разрыва, что повысило эффективность. Выявлено 35 CNV (0,7%): 31 в BRCA1 (29 делеций, 2 дупликации) и 4 в BRCA2 (3 делеции, 1 дупликация). Частота CNV была выше у пациентов моложе 50 лет и/или с сочетанными формами рака (p < 0,05). Методика показала высокую чувствительность (95%) и воспроизводимость, подтвердив свою применимость для клинической диагностики. Результаты способствуют интеграции анализа CNV в молекулярную онкологию, улучшая стратификацию риска и выбор терапии, включая PARP-ингибиторы.

Mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes, which are responsible for repairing DNA, increase the risk of breast and ovarian cancer. A type of mutation called CNVs (copy number variations) is poorly understood and not typically included in routine diagnostics. These mutations are difficult to detect due to limitations in standard methods like PCR and NGS. Specialized techniques like MLPA are not widely available. Aim of the work is to develop and test a technique for detecting large rearrangements in BRCA1/2 genes based on digital droplet PCR (ddPCR). The study included 5,149 DNA samples from breast (n = 3,925) and ovarian (n = 1,175) cancer patients. Primary screening was performed on NGS data, and verification of the CNVs was performed using ddPCR. The developed technique was reduced to analyzing the copy number of exons around the break points, which increased efficiency. There are detected 35 CNVs (0.7%): 31 in BRCA1 (29 deletions, 2 duplications) and 4 in BRCA2 (3 deletions, 1 duplication). The frequency of CNV was higher in patients younger than 50 years old and/or with primary multiple cancer (p < 0.05). The technique showed high sensitivity (95%) and reproducibility, confirming its applicability for clinical diagnostics. The results contribute to the integration of CNV analysis into molecular oncology, improving risk stratification and choice of therapy, including PARP inhibitors.