Details

Данная работа посвящена геномному исследованию бактерии Bacillus pumilus App11D, обладающей ростстимулирующими свойствами и представляющей интерес в качестве потенциального компонента биопрепаратов, направленных на повышение устойчивости и продуктивности сельскохозяйственных культур. Ниже представлены задачи, которые решались в ходе исследования. 1. Провести контроль качества исходных данных секвенирования. 2. Выполнить сборку генома штамма Bacillus pumilus App11D и оценить её качество. 3. Провести структурную и функциональную аннотацию генома с использованием современных биоинформатических инструментов. 4. Идентифицировать кластеры генов, ответственных за биосинтез вторичных метаболитов. Объект исследования – геном бактерии Bacillus pumilus App11D. Работа    выполнена    на    базе    лаборатории  микробных препаратов ФГБНУ ВНИИСХМ. Работа посвящена сборке и аннотации генома штамма Bacillus pumilus App11D, обладающего свойствами стимуляции роста растений. В результате работы была проведена сборка генома, контроль качества исходных данных, а также структурная и функциональная аннотация генома штамма Bacillus pumilus App11D с выявлением кластеров генов, ответственных за биосинтез вторичных метаболитов. При написании работы использовались следующие базы данных: NCBI,  ScienceDirect, Scopus, eLIBRARY.RU, CyberLeninka, Rfam, GenBank, Ensembl Bacteria. В ходе выполнения работы использовалось следующее программное обеспечение: FastQC v0.12.2, SPAdes v3.15.5, RagTag v2.1.0, FastANI v1.33, QUAST v5.2.0, BUSCO v1.0.0, SAMtools v1.19.2, Minimap2 v2.29, Blast+ v2.9.0, Prokka v1.14.6, PlasFlow v1.1, PlasmidFinder v1, antiSMASH v7.1.0.

This study is devoted to the genomic investigation of the bacterium Bacillus pumilus App11D, which exhibits plant growth–promoting properties and is of interest as a potential component of bioproducts aimed at enhancing the resilience and productivity of agricultural crops. The following tasks were addressed during the study: 1. Conducting quality control of raw sequencing data. 2. Performing genome assembly of the Bacillus pumilus App11D strain and evaluating assembly quality. 3. Carrying out structural and functional genome annotation using modern bioinformatics tools. 4. Identifying gene clusters responsible for the biosynthesis of secondary metabolites. The object of the study: the genome of Bacillus pumilus App11D. The research was conducted at the Laboratory of Microbial Preparations, FSBSI ARRIAM. The work included the assembly and annotation of the genome of the plant growth–promoting strain Bacillus pumilus App11D. As a result, the genome was assembled, sequencing data quality was assessed, and structural and functional annotation was performed, including the identification of gene clusters involved in the biosynthesis of secondary metabolites. The following databases were used during the study: NCBI, ScienceDirect, Scopus, eLIBRARY.RU, CyberLeninka, Rfam, GenBank, Ensembl Bacteria. The software tools employed in the analysis included: FastQC v0.12.2, SPAdes v3.15.5, RagTag v2.1.0, FastANI v1.33, QUAST v5.2.0, BUSCO v1.0.0, SAMtools v1.19.2, Minimap2 v2.29, Blast+ v2.9.0, Prokka v1.14.6, PlasFlow v1.1, PlasmidFinder v1, antiSMASH v7.1.0.

• b4f82eeb0937d019e270420235c89cfd43448795574bdd34ca42b9ad154657fc.pdf
• b4f82eeb0937d019e270420235c89cfd43448795574bdd34ca42b9ad154657fc.pdf